超付工程款另诉是否算重复起诉，需结合具体情况判断，但一般而言，若前后诉讼的当事人、诉讼标的、诉讼请求均不同，则不构成重复起诉。以下从不同角度进行分析：

1. 重复起诉的认定标准：

   • 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百四十七条，当事人就已经提起诉讼的事项在诉讼过程中或者裁判生效后再次起诉，同时符合下列条件的，构成重复起诉：（一）后诉与前诉的当事人相同；（二）后诉与前诉的诉讼标的相同；（三）后诉与前诉的诉讼请求相同，或者后诉的诉讼请求实质上否定前诉裁判结果。
   • 若超付工程款另诉与之前的诉讼在当事人、诉讼标的、诉讼请求上均不相同，则不构成重复起诉。

2. 超付工程款另诉的具体情况：

   • 情况一：若之前的诉讼是关于工程款是否应支付、支付多少的问题，而超付工程款另诉是基于已经支付了工程款，但发现支付金额超过了应支付的金额，要求返还多付的部分。此时，前后诉讼的诉讼标的（即争议的法律关系）不同，诉讼请求也不同，因此不构成重复起诉。
   • 情况二：若之前的诉讼已经对工程款进行了全面结算，并确定了应支付的金额，而超付工程款另诉是基于结算后发现的新事实（如对方隐瞒了部分已付款项），要求返还多付的部分。此时，虽然诉讼标的可能相同（即工程款支付关系），但诉讼请求是基于新事实提出的，且与前诉的诉讼请求不同，因此一般也不构成重复起诉。但需注意，若新事实在之前的诉讼中本应能够发现而未发现，且该新事实对之前的诉讼结果有实质性影响，则可能存在其他法律问题（如诉讼欺诈等）。

3. 法律建议：

   • 在进行超付工程款另诉前，应仔细审查之前的诉讼记录，确保前后诉讼在当事人、诉讼标的、诉讼请求上均不相同，以避免构成重复起诉。
   • 若发现可能构成重复起诉的情况，应及时调整诉讼策略，如通过申请再审、执行异议等方式解决争议。
   • 在诉讼过程中，应充分准备证据，证明超付工程款的事实及金额，以支持自己的诉讼请求。

4. 可能的法律后果：

   • 若构成重复起诉，法院可能会裁定不予受理或驳回起诉。
   • 若不构成重复起诉，但诉讼请求未得到法院支持，则可能面临败诉的风险。因此，在提起诉讼前，应充分评估诉讼风险，并制定合理的诉讼策略。

综上所述，超付工程款另诉是否算重复起诉，需结合具体情况判断。若您有此类法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。