针对您提出的“一方主张超付了工程款判例”这一问题，我将从法律角度出发，结合相关判例和法律知识，为您进行详细分析。

1. 超付工程款的主张与抗辩思路

在建设工程领域，当一方（通常是发包方）主张超付了工程款时，另一方（通常是承包方）有权进行抗辩。抗辩的核心思路在于证明已付款与应付款之间的差额并不存在，或者差额的计算依据不充分。

• 已付款与应付款的确定：根据“谁主张、谁举证”的原则，主张超付工程款的一方需要证明已付款和应付款的金额。然而，在工程未完成结算程序的情况下，应付款总额尚未确定，因此无法直接计算出差额。

• 合同结算程序的履行：合同中通常会约定结算程序，包括变更、洽商、签证等增加内容的计算方式。如果双方尚未完成结算程序，那么应付款总额就无法确定，此时主张超付工程款显然缺乏计算依据。

• 合同外增项内容的证明：在工程实际履行中，可能会发生合同外的增项内容，这些内容需要通过最终结算来确定。因此，承包方可以搜集相关证据，如变更单、签证单等，来证明合同外增项内容的存在，从而反驳超付工程款的主张。

2. 诉讼时效的考虑

在主张超付工程款时，还需要考虑诉讼时效的问题。根据《民法典》的规定，诉讼时效的起算时间是从权利人知道或者应当知道权利被侵害之日起算，共计三年。对于主张超付工程款的，结算出来后，原告方就知道有没有超付工程款了，因此诉讼时效应从结算之日起开始计算。

• 南京法院判例的启示：在南京法院的一个判例中，原告主张超付了工程款，但被告辩称原告的主张已超过诉讼时效。法院最终支持了被告的抗辩，认为原告的主张已超过三年的诉讼时效。这一判例提醒我们，在主张超付工程款时，必须注意诉讼时效的问题，避免因超过时效而丧失胜诉权。

3. 反诉或另案起诉的策略

在面对超付工程款的主张时，承包方还可以考虑提起反诉或另案起诉的策略。反诉可以抵销对方的诉讼请求金额，给对方以压力；而另案起诉则可以针对对方的违约行为或其他损害行为进行索赔。

• 反诉的准备：提起反诉需要准备反诉状、反诉证据等材料，以支持反诉请求。反诉的内容应当与本诉具有牵连性，且反诉请求应当明确、具体。

• 另案起诉的考虑：如果法庭不受理反诉，或者反诉请求与本诉的关联性不强，那么承包方可以考虑另案起诉。另案起诉可以针对对方的特定行为进行索赔，如材料款、窝工损失等费用。

综上所述，面对一方主张超付工程款的情况，另一方可以从已付款与应付款的确定、合同结算程序的履行、合同外增项内容的证明以及诉讼时效的考虑等多个角度进行抗辩。同时，还可以考虑提起反诉或另案起诉的策略来维护自己的合法权益。如果您在建设工程领域遇到类似问题，欢迎直接向我咨询。