关于建设工程业主起诉返还超付工程款的案例，以下从几个不同角度为你进行分析和说明：

案例一：发包人明知挂靠事实，被挂靠人不承担返还义务

案情简介：金某借用科技工程公司资质与建筑装饰公司签订了《劳务分包合同》，后在合同履行过程中发生争议，建筑装饰公司诉至法院请求判令科技工程公司、金某返还超付劳务费530565.49元及逾期付款利息。一审判决科技工程公司应返还建筑装饰公司多支付的工程款，二审法院纠正了一审判决。 裁判要旨：

1. 合同效力：没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义签订的建设工程施工合同，违反了法律、行政法规的强制性规定，属于无效合同。本案中，从合同签订和履行情况来看，可认定科技工程公司与金某之间存在挂靠关系，且建筑装饰公司对挂靠关系应明知，所以《劳务分包合同》无效。
2. 返还义务主体：《劳务分包合同》无效，科技工程公司与金某不存在真实的建设工程合同关系，涉案工程由金某签订并组织工人施工，应当认定建筑装饰公司与金某就案涉工程成立事实上的建设工程合同法律关系，故金某应当承担工程款超付部分的返还义务。

法律启示：在建设工程中，如果发包人明知实际施工人借用资质承揽工程，双方形成事实上的建设工程合同关系，且发包人直接向实际施工人支付工程款，对于超付工程款应由实际施工人返还。

案例二：主张返还超付工程款要注意时效问题

案情简介：2012年12月6日，原告中建公司与被告屹宁公司签订《中建大厦基坑土方挖运施工合同》，合同价款为710万元，系固定总价包干。2013年8月，被告将工程预（结）算书出具给原告，经审核一审值7924587.7元，2013年10月28日经双方盖章签字确认二审值7924587元。截止至2014年8月5日，原告向被告支付工程款7924587元。2017年5月，中建公司单方面委托天恒达公司出具结算报告，核减79241.07元。原告认为超额支付被告工程款79240.37元，主张被告返还超付工程款，但被告不予理睬，被告辩称原告的主张已超过法律保护的诉讼时效。 法院观点：

1. 诉讼时效限制：诉讼时效是权利人主张权利的重要内容，施工方主张工程款受诉讼时效限制，发包方主张返还超付的工程款同样受诉讼时效限制。
2. 起算时间：根据民法典的规定，诉讼时效的起算时间是从权利人知道或者应当知道权利被侵害之日起算，共计三年。对于主张工程款的，绝大多数都应从双方签署结算协议之日起开始计算，因为工程在没有正式结算之前，双方到底欠付多少工程款，工程款什么时候支付，无法确定。只有在签署结算协议后，施工方才能知道工程款要主张的数额，对于超付工程款的也不例外，结算出来后，原告方就知道有没有超付工程款了。
3. 中断情形：诉讼时效虽然只有三年，但是期间只要有主张工程款的证据，诉讼时效就发生中断，就可以重新计算。这就要求权利人在平时催要工程款时，要形成书面证据，这样可以中断时效，尽可能避免超过诉讼时效的问题。

法律启示：在主张返还超付工程款时，一定要注意诉讼时效的问题，及时行使权利，并保留好相关证据，以避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。

案例三：超付工程款如何确定返还金额及相关费用处理

案情简介：2012年11月20日，中南公司作为甲方与作为乙方的三建公司签订《建设工程施工合同》，工程暂定合同总价为5000万元。合同签订后，三建公司进场进行施工。竣工验收后，中南公司委托建恒源公司对案涉工程的造价进行审核，审核结果为47823659.31元。一审法院根据中南公司的申请对案涉工程的造价进行了鉴定，经鉴定，案涉工程的造价为55310505元。 争议焦点及处理：

1. 代付工程款：三建公司将案涉工程部分楼外墙漆施工工程发包于案外人李松青。中南公司主张预付款中有25万元系中南公司代三建公司向李松青支付，并提交了转账凭证、李松青的情况说明、付款申请、收据等相关证据佐证。法院认为中南公司代三建公司向李松青支付25万元工程款的事实具有高度盖然性，对中南公司要求将该款项计入已向三建公司支付的工程款的主张予以支持。
2. 代付钢材款：中南公司针对该主张提交的三建公司委托付款函并非原件且无其他证据印证，且该款项涉及三建公司与群星公司钢材供货合同结算，不宜在本案中一并处理，故对中南公司该项主张在本案中不予支持。
3. 审计费用：中南公司委托建恒源公司审计案涉工程造价。现案涉工程未以建恒源公司审计结果作为结算依据，中南公司亦未提供证据证明三建公司同意分担审计费用，故对中南公司该项主张不予支持。
4. 维修费用：三建公司是案涉工程质量保修义务主体，应按法律规定及合同约定全面履行质保义务。案涉工程在质保期内发生质量缺陷，中南公司通过寄送工作联系函等方式要求三建公司履行维修义务但未得到积极响应。在此情况下，中南公司委托他人维修并支付维修费用951203元，应由三建公司承担。
5. 工程造价不确定性及推断性部分：案涉鉴定意见不确定性及推断性部分的工程造价金额，系鉴定机构根据相关签证单、工作联系单、签字核定单等签证资料中三建公司单方列示金额与描述工作内容计算作出。而上述资料签证手续不规范、不完善，部分重要文件原件缺失，部分资料中的签证人员不是《建设工程施工合同》约定的有权签证人员且未获得中南公司授权，故鉴定意见不确定性及推断性部分的造价金额不能完全采信。但鉴于中南公司基本认可上述资料所载施工内容确实发生，只是对具体工作量持有异议，且多数资料经过监理单位签章，故法院结合案涉工程施工情况、参考上述签证资料记载内容，酌情认定不确定性及推断性部分造价金额。

法律启示：在确定超付工程款返还金额时，需要对各项费用进行细致审查和认定，对于有充分证据证明的费用，应予以支持；对于证据不足或涉及其他合同关系的费用，不宜在本案中一并处理。同时，对于工程质量保修义务，承包人应全面履行，否则可能承担相应的维修费用。

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