通常情况下，工程款超过三年仍然可以起诉。不过，这需要结合具体情况来看，下面我为您详细分析：
一、法律依据
根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这个时效期间是从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，从法律层面来说，工程款超过三年并未完全丧失起诉的权利。
二、诉讼时效的中断与中止
中断：如果在诉讼时效期间内，权利人曾经向义务人主张过权利，或者义务人同意履行义务，那么诉讼时效就会中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。这意味着，即使工程款已经超过了三年，但如果在这期间内有过主张权利或义务人同意履行的情况，那么权利人仍然可以重新获得法律保护的时效期限。
中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或者其他障碍导致权利人无法行使请求权，那么诉讼时效会中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。这种情况下，虽然工程款超过了三年，但由于存在中止事由，权利人仍然可以在障碍消除后的六个月内提起诉讼。
三、超过诉讼时效的风险
如果工程款已经超过了三年，且不存在诉讼时效中断、中止等法定情形，那么对方一旦提出诉讼时效抗辩，权利人可能会丧失胜诉权。这意味着，即使权利人向法院提起诉讼，法院也可能会因为超过诉讼时效而驳回起诉或者判决权利人败诉。
四、建议
为了避免出现因超过诉讼时效而导致的不利局面，建议权利人尽快收集与工程款相关的各类证据（如合同、施工记录、验收报告等），并及时向法院提起诉讼。通过法律途径来维护自身的合法权益，是保护自身权益的有效途径。
综上所述，工程款超过三年仍然可以起诉，但需要结合具体情况来看。如果存在诉讼时效中断、中止等法定情形，那么权利人仍然有机会重新获得法律保护的时效期限。因此，建议权利人尽快采取行动，通过法律途径来维护自身的合法权益。