工程合同过了三年仍然可以起诉，但需注意诉讼时效问题，若超过诉讼时效且对方提出抗辩，可能会面临败诉风险。以下从多个角度进行详细分析：
一、诉讼时效期间及其中断、中止情形
一般诉讼时效期间：
- 根据《民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。对于工程合同纠纷，这一原则同样适用。若从知道或应当知道权利被侵害之日起未超过三年，则处于诉讼时效期间内，可以正常起诉并依法获得法院支持。
诉讼时效中断：
- 根据《民法典》第一百九十五条，诉讼时效可因以下情形中断，并重新计算：
- 权利人向义务人提出履行请求；
- 义务人同意履行义务；
- 权利人提起诉讼或申请仲裁；
- 其他与诉讼或仲裁具有同等效力的情形。
- 举例：在工程合同中，若承包人在三年内多次向发包人书面催讨工程款，则诉讼时效会中断，并从最后一次催讨之日起重新计算三年。
诉讼时效中止：
- 依据《民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，若因不可抗力等法定事由导致权利人无法行使请求权，诉讼时效将中止，待障碍消除后继续计算剩余时间（自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满）。
- 举例：若在工程合同纠纷的最后六个月内发生地震导致法院无法正常办公，诉讼时效将中止，待地震影响消除后继续计算剩余时间。
二、超过诉讼时效的法律后果
- 若自权利人知道或应当知道权利受损之日起已超过三年，且不存在诉讼时效中断、中止的法定事由，虽然仍可向法院起诉，但根据《民法典》第一百九十二条，义务人可以提出不履行义务的抗辩。
- 在这种情况下，如果对方以诉讼时效届满为由进行抗辩，并且法院经审查确认抗辩事由成立，原告的诉讼请求将被驳回，即其主张的权利将无法得到法院的强制保护。不过，诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。
三、工程合同的特殊规定
- 对于工程合同中约定的分期履行债务，诉讼时效期间应自最后一期履行期限届满之日起计算。这意味着，如果合同规定了多个支付阶段，诉讼时效将从最后一个支付阶段到期时开始计算。
四、实际操作建议
及时收集证据：
- 包括工程合同文本、工程验收文件、结算资料等，这些证据是证明双方存在合同关系、工程已完成并通过验收以及欠款金额的关键。
- 往来函件、沟通记录（邮件、短信、微信聊天记录）等，用以证明债权人一直积极主张权利，以及可能涉及诉讼时效中断的证据。
确定管辖法院：
- 根据法律规定，工程合同纠纷一般由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
- 如果合同中约定了管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，则按照约定的法院起诉。
- 对于建设工程施工合同纠纷，特别规定由不动产所在地人民法院管辖。
撰写并提交起诉状：
- 明确写明原告和被告的基本信息。
- 清晰列出诉讼请求，包括欠款金额、利息（如有）、违约金等。
- 详细叙述事实与理由，说明为何要求被告支付相应款项，并阐述通过诉讼途径解决纠纷的必要性。
积极参与后续诉讼程序：
- 等待法院向被告送达起诉状副本等法律文书，并按照法院通知的时间参加庭审。
- 在庭审过程中，充分陈述自己的观点和理由，并出示相关证据以支持自己的诉讼请求。
总结：工程合同过了三年仍然可以起诉，但需密切关注诉讼时效问题。为确保自身权益得到保障，建议当事人在发现权益受损时及时采取行动，并咨询专业律师（即我本人，金青松律师，专注于经济纠纷、合同纠纷领域）以获取更具体的法律建议。