针对您提出的“招投标代理合同约定由中标人支付代理费的法律效力”问题，以下是我的详细解答：
首先，从法律层面来看，招投标代理合同中约定由中标人支付代理费并不违法。这一约定是基于《民法典》中关于“由第三人履行的合同”的相关规定。具体来说，招标人与招标代理机构作为委托合同的当事人，可以约定由第三人（即中标人）向债权人（招标代理机构）履行债务。如果第三人不履行债务或者履行债务不符合约定，债务人（招标人）应当向债权人承担违约责任。因此，这种约定是受法律保护的。
然而，从实务和政府监管的角度来看，由中标人支付招标代理费存在一些弊端：
未实现市场调节价机制： 尽管国家发展改革委已经规定招标代理服务费不再实行政府指导价，改为市场调节价，但在实际操作中，由于招标人不承担费用，其立场更倾向于招标代理机构，对招标代理费的多少不太关心。这导致招标代理费依然参照已废止的《招标代理服务收费管理暂行办法》计算，无法形成真正的市场价调解机制。
存在廉政风险： 招标代理业务目前无资质要求，招标代理机构从业人员的水平参差不齐。由于招标代理费相对较高，且招标代理机构的劳动付出与其所得不成比例，这可能导致招标代理机构为了承揽业务而采用非正当手段，甚至以向招标人关键人分配利润的方式承揽业务，存在很大的廉政风险。
加重中标人负担： 在国有投资项目中，招标人编制的招标控制价中通常不包含招标代理费，但要求投标人的投标报价中考虑招标代理费。这增加了中标人的负担，特别是在同一项目划分多个标段的情况下，按照各个标段的中标价计算招标代理费，会进一步加重中标人的负担。
针对以上问题，我提出以下建议：
实行谁委托谁付费制度： 相关部门应出台制度，规定特别是国有投资项目实行谁委托谁付费制度。招标人委托招标代理机构时，也应承担招标代理费，以减轻中标人的负担，进一步优化营商环境。同时，应明确约定招标代理费计算方法，区分代理项目的规模、预算情况，既要维持小项目时代理机构的成本，又要控制大项目时代理机构的超额利润。
引入竞争机制选择代理公司： 招标人应对招标代理公司进行比较选择，依据招标代理公司的服务质量、收费标准、招标节资率、信用评价等条件综合考虑，择优选用。这可以促使招标代理机构公平竞争，重视综合人才的培养，提高员工的法律知识和业务素质，强化综合能力的学习培训，以提高招标代理机构的综合服务水平。
综上所述，虽然招投标代理合同中约定由中标人支付代理费在法律上是有效的，但从实务和政府监管的角度来看，存在一些弊端。因此，建议相关部门出台制度，规范招标代理费的支付方式，并引入竞争机制选择代理公司，以优化营商环境，降低中标企业负担。