招标代理费支付的法律依据主要来源于相关法律法规的规定以及招标人与中标人之间的明确约定。以下从这两个方面为您详细阐述：
一、法律法规依据
《中华人民共和国招标投标法》：
- 该法确立了招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。虽然该法并未直接规定招标代理费由谁支付，但它为招标代理服务费用的支付安排提供了法律框架，即应在符合法律规定和市场规则的前提下，由招标人和中标人通过约定来确定。
《招标代理服务收费管理暂行办法》及后续修改文件：
- 最初规定招标代理服务费用应由招标人支付，但后续文件修改为“招标代理服务费用应由招标人支付，招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定。”这一修改明确为招标代理费由中标人支付提供了政策依据，体现了合同自由原则在招标代理费支付方面的应用。
《政府采购代理机构管理暂行办法》：
- 该办法规定代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付。若由中标、成交供应商支付，则供应商报价应当包含代理费用。这一规定进一步确认了中标人支付招标代理费的合法性，特别是在政府采购项目中。
《中华人民共和国民法典》合同编：
- 合同编允许合同当事人在不违反强制性规定的前提下，就招标代理费的支付进行自由约定。这为招标人与招标代理机构、中标人之间就招标代理费的支付达成个性化协议提供了法律依据。
二、招标合同约定
招标文件规定：
- 招标人在编制招标文件时，应明确规定招标代理费的支付方式、金额及时间等关键条款。如果规定由中标人支付，那么中标人在参与投标时就应知晓并接受这一条件。一旦中标，中标人有义务按照招标文件的规定支付招标代理费。这种约定是招标人与中标人之间真实意思的表示，对双方具有约束力。
委托代理合同约定：
- 招标人与招标代理机构签订的委托代理合同中，可能会约定由中标人支付招标代理费。这种约定是双方基于商业考虑和市场策略做出的选择，只要不违反法律法规的强制性规定，对各方当事人都具有约束力。
三、实际操作中的注意事项
合法合规性：
- 无论招标代理费由谁支付，都必须严格遵守相关法律法规的规定，确保费用支付的合法性和合规性。避免出现违反法律法规强制性规定的支付安排。
计费标准：
- 招标代理费的计费标准应遵循相关规定和行业标准，并在规定的收费标准和浮动幅度内由招标代理机构和招标委托人协商确定。确保费用合理且符合市场规律。
透明性与公平性：
- 招标活动应遵循公平、公正、公开和诚实信用原则。招标代理费的支付安排应在整个招标流程中清晰明确，以保障各方的合法权益。避免出现因费用支付问题而引发的纠纷和争议。
总结与建议：
招标代理费的支付依据是多方面的，包括法律法规的规定、招标合同的约定以及行业惯例与市场规则等。在实际操作中，建议招标人与招标代理机构、中标人之间充分沟通并达成一致意见，明确招标代理费的支付方式、金额及时间等关键条款。同时，确保这些约定和规定符合法律法规的要求，以避免潜在的纠纷和风险。如果您在招标代理费支付方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。