政府采购项目招标代理费由供应商支付的法律依据主要是《政府采购代理机构管理暂行办法》（财库〔2018〕2号）第十五条第一款。该条款明确规定，代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付。由中标、成交供应商支付的，供应商报价应当包含代理费用。代理费用超过分散采购限额标准的，原则上由中标、成交供应商支付。

分析说明：

1. 法律法规依据：

   • 《政府采购代理机构管理暂行办法》直接规定了代理费用可以由中标供应商支付，并明确了在代理费用超过分散采购限额标准时，原则上由中标供应商支付。
   • 此外，《中华人民共和国招标投标法》虽然未直接规定招标代理费的支付方，但确立了招标投标活动应遵循的原则，为招标代理服务费用的支付安排提供了法律框架。

2. 招标合同约定：

   • 招标文件中应明确规定招标代理费的支付方式、金额及时间等关键条款。
   • 如果招标文件规定由中标供应商支付，那么中标供应商在参与投标时就应知晓并接受这一条件，一旦中标，有义务按照招标文件的规定支付招标代理费。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 中标供应商支付的招标代理费履行期限应当在签订书面合同后，避免提前支付导致的不合法情况。
   • 招标代理服务收费应实行市场调节价，双方应参考相关标准，并结合招标项目规模、工程等级、技术难易程度以及服务深度等确定代理服务费额度。

综上所述，政府采购项目招标代理费由供应商支付具有明确的法律依据，并在实际操作中需遵循相关法律法规和招标文件的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。