关于招标投标法中招标代理费的支付问题，以下是对这一话题的详细解答：
一、招标代理费支付的主体与依据
支付主体：
- 根据2003年国家发展改革委办公厅发布的《关于招标代理服务收费有关问题的通知》（发改办价格〔2003〕857号），招标代理服务费用原则上应由招标人支付。但该文件也允许招标人、招标代理机构与投标人之间另有约定，即可以按照约定方式执行。
- 在实际操作中，招标文件可能会规定招标代理费由中标人支付，这一做法在实务中是被接受的，并不违反法律行政法规的强制规定。
支付依据：
- 招标人与招标代理机构之间会签订书面委托合同，明确代理费的支付方式和标准。
- 如果招标文件中规定由中标人支付代理费，那么这一条款将作为实质性条款要求投标人在投标报价时充分考虑。
二、由中标人支付招标代理费的合理性及弊端
合理性：
- 从法律角度看，招标人与招标代理机构作为委托合同的当事人，可以约定由第三人（即中标人）向债权人（即招标代理机构）履行债务，这符合《民法典》中关于第三人代为履行制度的规定。
- 实务中，这种支付方式也被广泛应用，并被认为是一种有效的市场行为。
弊端：
- 可能导致市场调节价机制未能有效实现，因为招标人可能不太关心代理费的多少，而中标人作为费用的承担者却无法参与前期费用的商讨。
- 对招标人来说，存在廉政风险，因为招标代理机构为了承揽业务可能会采用非正当手段。
- 招标人和招标代理机构可能将自身意志强加于潜在投标人，增加中标人的负担。
三、建议与措施
明确支付主体：
- 相关部门应出台制度，特别是针对国有投资项目，明确规定实行“谁委托谁付费”制度，以减轻中标人的负担。
引入竞争机制：
- 招标人在选择招标代理机构时应引入竞争机制，综合考虑服务质量、收费标准、招标节资率、信用评价等因素，择优选用。
规范代理费计算：
- 明确约定招标代理费的计算方法，区分代理项目的规模、预算情况，既要维持小项目时代理机构的成本，又要控制大项目时代理机构的超额利润。
综上所述，招标代理费的支付主体和方式在实务中存在一定的灵活性和争议性。为了优化营商环境、降低中标企业负担并防范廉政风险，建议相关部门进一步明确支付主体和计算方式，并引入竞争机制以提高招标代理机构的服务水平。