针对您提出的“法院已判决无事实和理由结算工程进度款，在后面的总结算可以不包括进度款吗”这一问题，我的分析如下：
结论：
一般情况下，总结算应包含所有已完成的工程进度款：在建设工程合同中，工程进度款是按照工程进度支付的款项，它代表了承包人已完成工程部分的价值。如果法院已经判决某部分工程进度款无事实和理由进行结算，这通常意味着该部分款项在当时的结算中存在问题或争议。然而，这并不意味着在后续的总结算中可以完全排除这部分款项，除非有明确的合同约定或法律判决支持这一做法。
需根据合同约定和法律判决具体分析：
- 合同约定：首先，应查看建设工程合同中关于工程进度款和总结算的约定。如果合同中有明确规定，在特定情况下（如法院判决无事实和理由结算）可以排除部分工程进度款，那么应遵循合同约定。
- 法律判决：其次，如果法院已经就工程进度款的问题作出了判决，并且该判决具有法律效力，那么应尊重并执行法院的判决。但需要注意的是，法院的判决通常只针对特定事项，并不一定涵盖所有后续的结算问题。
可能存在的法律后果：
- 如果擅自排除工程进度款：在总结算中擅自排除已完成的工程进度款，可能构成违约行为，承包人有权要求发包人支付该部分款项，并可能要求承担违约责任。
- 如果合同或法律有明确规定：如果合同或法律有明确规定可以排除部分工程进度款，并且这一规定是合法有效的，那么发包人可以依据这些规定进行结算。但即使如此，也应确保结算过程的合法性和公正性，避免引发新的争议。
建议：
- 仔细审查合同和法律判决：在处理总结算问题时，应首先仔细审查建设工程合同和相关的法律判决，明确双方的权利和义务。
- 与承包人协商：如果可能的话，应与承包人进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。这有助于减少争议和纠纷，维护双方的合作关系。
- 寻求专业法律意见：如果对合同或法律判决的理解存在疑问，或者无法与承包人达成一致意见，建议寻求专业法律意见。作为律师，我可以为您提供更详细、更专业的法律分析和建议。
总之，在处理总结算问题时，应综合考虑合同约定、法律判决以及实际情况，确保结算过程的合法性和公正性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。