结论：工程款已经结算后，能否主张结算不符合合同约定，需视具体情况而定，主要包括是否超过诉讼时效、结算协议是否有效以及是否存在可撤销或无效的情形等。以下从不同角度进行详细分析：
一、诉讼时效角度
诉讼时效期间：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果工程款结算后，您发现结算不符合合同约定，应在三年内提起诉讼或仲裁，否则可能丧失胜诉权。
诉讼时效中断与重新计算：在诉讼时效期间内，如果您向对方提出履行请求、对方同意履行义务或者您提起诉讼或仲裁等，诉讼时效会中断并重新计算。这为您主张权利提供了更多的时间机会。
二、结算协议效力角度
结算协议的有效性：如果工程款结算后，双方签订了结算协议，且该协议是双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议是有效的。在这种情况下，您通常不能主张结算不符合合同约定，除非您能证明结算协议存在可撤销或无效的情形。
结算协议的可撤销或无效：如果结算协议存在欺诈、胁迫、显失公平等可撤销的情形，或者违反法律、行政法规的强制性规定而无效，那么您可以主张撤销或确认结算协议无效，并要求按照合同约定进行结算。
三、具体情形分析
结算时未提出异议：如果在结算时，您已经对结算金额或方式提出了异议，但双方仍达成了结算协议，那么这可能被视为您对结算结果的认可。在这种情况下，您主张结算不符合合同约定的难度会较大。
结算后发现新证据：如果在结算后，您发现了新的证据，能够证明结算确实不符合合同约定，且该证据在结算时无法获得或未被发现，那么您可以考虑提起诉讼或仲裁，要求重新结算。但需要注意的是，新证据的发现和提供应符合法律规定的程序和要求。
对方存在违约行为：如果对方在结算过程中存在违约行为，如故意隐瞒重要信息、提供虚假资料等，导致结算结果不符合合同约定，那么您可以主张对方承担违约责任，并要求按照合同约定进行结算。
四、法律建议
及时审查结算协议：在工程款结算后，建议您及时审查结算协议的内容，确保其符合合同约定和法律规定。如果发现任何问题或疑虑，应及时与对方沟通并寻求解决方案。
保留相关证据：在结算过程中和结算后，建议您保留好所有与工程款结算相关的证据和资料，如合同、结算协议、支付凭证、沟通记录等。这些证据和资料在后续可能发生的纠纷中将成为重要的证明材料。
寻求专业法律帮助：如果您对工程款结算或合同约定存在任何疑问或争议，建议您及时咨询专业律师的意见。律师将能够根据您的具体情况和法律规定，为您提供专业的法律建议和解决方案。
后续思考依据：在处理类似工程款结算纠纷时，应充分考虑诉讼时效、结算协议效力以及具体情形等因素。同时，保留好相关证据和资料，并寻求专业法律帮助，将有助于您更好地维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。