在司法行政（办案流程）中，若案件存在事实不清、证据不足的情况，确实可以成为撤销案件的依据。以下从刑事案件和行政案件两个角度进行详细分析：
一、刑事案件中的撤案依据
在刑事司法体系中，若案件情况模糊、证据不足以证明犯罪嫌疑人罪行，案件可撤销。具体来说：
立案阶段：根据现行法律法规，刑事案件的立案过程必须建立在确凿的犯罪事实基础之上，同时亦需衡量其应该承担相应的刑事责任。倘若经过严谨的调查取证工作之后，发现事实仍然扑朔迷离且证据依然残缺不全，无法满足上述两项基本要求，那么便不能对犯罪嫌疑人进行定罪，而应依法撤销此案。
审查起诉阶段：检察院对公安机关移送起诉的案件，若认为证据不足、不符合起诉条件，可作不起诉决定，即撤案。
审判阶段：若案件进入审判阶段，法院可能会作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。另外，对于补充侦查后仍然事实不清证据不足的，按照法律规定也应当作出不起诉决定。
二、行政案件中的撤案依据
在行政案件方面，如果经过深入审查后发现事实不清、证据不足，行政机关所作出的特定行政行为就有可能面临撤销的命运。具体来说：
行政处罚案件：行政处罚案件办理过程实际上需要证明三个问题：一是“我合法”问题，即行政人员、执法部门的整个执法过程无论是主体资格还程序等方面，都合规合法；二是“你违法”问题，即对当事人违法行为的调查认定事实清楚、证据确凿；三是“不是他”问题，即处罚对象认定准确，排除一切合理怀疑与可能。若其中任何一个环节出现问题，如事实不清、证据不足，都可能导致行政处罚被撤销。
具体案例：以超标排放污染物环境行政处罚案件为例，若执法部门未对废水是否由特定企业所排放进行调查核实，或者说未对当事人这一“合理怀疑”进行排除，加上所取水样存在较大可能是其他企业所排放的可能性，最终行政复议机关可能会以“事实不清、证据不足”为由，撤销生态环境部门作出的行政处罚决定。
三、撤案的综合评估与判断
对于事实不清和证据不足这两大要素的严格把握是决定案件能否撤销的关键所在。然而，最终是否撤销还要根据案件的性质、程序以及相关法律规定进行全面综合的评估与判断。这包括但不限于对案件调查质量的评估、对证据证明力和锁定力的分析、对处罚对象唯一性的认定等。
综上所述，若案件存在事实不清、证据不足的情况，确实可以成为撤销案件的依据。但具体是否撤销还需根据案件的性质、程序以及相关法律规定进行全面综合的评估与判断。如有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。