在行政案件中，若事实不清、证据不足，处理方式会根据案件所处的不同阶段和具体情况有所不同，但总体原则是坚持疑罪从无原则和相关法律法规的规定。以下从不同阶段为你详细分析：

行政机关作出行政行为阶段

1. 补充调查取证
   • 行政机关在作出行政决定前，若发现证据不足，有责任进一步调查收集证据，以达到作出行政行为所需要的证明标准。例如，在环保执法中，环保部门怀疑某企业存在偷排污水行为，但初步调查收集的证据不足以认定违法事实。此时，环保部门可以进一步询问企业相关人员、收集污水排放监测数据、检查企业污水处理设施运行记录等，以获取更充分的证据。
   • 法律依据：《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规赋予了行政机关调查取证的权力，以确保行政行为的合法性和合理性。
2. 不得作出行政行为
   • 若经过充分调查后，证据仍无法达到证明行政相对人存在违法或应受某种行政处理的事实，行政机关不得作出不利于行政相对人的行政决定。比如，没有足够证据证明当事人存在超速驾驶行为，交警部门就不能对其作出罚款、扣分等行政处罚决定。

行政复议阶段

1. 决定撤销或变更
   • 复议机关经审查认为证据不足时，可以决定撤销或变更原行政行为，并责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为。例如，某市场监管部门对一家商店作出了罚款的行政处罚决定，商店不服申请行政复议。复议机关审查发现，市场监管部门认定商店销售假冒伪劣商品的证据不足，于是撤销了该罚款决定，并要求市场监管部门重新调查后依法作出处理。
   • 法律依据：《中华人民共和国行政复议法》明确规定了复议机关在审查行政行为时的职责和权力，对于证据不足的行政行为，复议机关有权进行撤销或变更。
2. 责令被申请人补充证据
   • 复议机关也可以责令被申请人在一定期限内补充证据。若补充后证据满足要求，复议机关可维持原行政行为；若不满足，则会作出不利于被申请人的复议决定。比如，在上述市场监管部门的案例中，复议机关也可以先责令市场监管部门补充证据，如果市场监管部门在规定期限内补充的证据能够证明商店确实存在销售假冒伪劣商品的行为，复议机关可能会维持原罚款决定；反之，则会撤销该决定。

行政诉讼阶段

1. 判决撤销或者部分撤销
   • 法院在审理过程中，若认为行政行为证据不足，会判决撤销或部分撤销该行政行为，并可以判决被告重新作出行政行为。例如，在治安管理处罚案件中，公安机关提供的证据不足以证明当事人实施了相应违法行为，法院会判决撤销该拘留处罚决定，公安机关可能需要重新调查取证后，再依法作出处理。
   • 法律依据：《中华人民共和国行政诉讼法》规定，行政行为主要证据不足的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为。
2. 确认违法
   • 对于不具有可撤销内容或撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的特殊情况，法院会判决确认行政行为违法，并可判决行政机关给予相应赔偿。比如，行政机关违法拆除相对人房屋且无法恢复原状时，法院会确认拆除行为违法，并判决行政机关赔偿相对人因房屋被拆除所遭受的损失，包括房屋价值、搬迁费用等。

特殊情形处理

1. 撤案处理
   • 在行政案件办理过程中，如果发现证据不足且无法证明违法事实的存在或确定违法嫌疑人，公安机关应当依法作出撤案处理。这体现了对案件的审慎态度和对法律程序的尊重。例如，公安机关接到举报称某场所存在赌博行为，经过调查后发现证据不足，无法证明赌博事实的存在，此时公安机关应当撤销该案件。
2. 不予行政处罚
   • 行政机关在调查终结后，若违法事实不能成立或证据不足，应当作出不予行政处罚的决定。比如，税务机关怀疑某企业存在偷税漏税行为，经过详细调查后发现证据不足，无法认定企业存在偷税漏税的违法事实，税务机关应当作出不予行政处罚的决定。
   • 法律依据：《中华人民共和国行政处罚法》规定，违法事实不能成立的，不予行政处罚。
3. 行政赔偿或退还罚款
   • 若行政机关已作出行政处罚决定但事后发现证据不足，应撤销该决定并对受处罚的当事人进行行政赔偿或退还罚款。这旨在维护当事人的合法权益。例如，某交通管理部门对一辆汽车作出了罚款决定，后来发现认定该汽车违法的证据不足，交通管理部门应当撤销罚款决定，并退还已收取的罚款。

无论是行政机关、复议机关还是法院，在处理行政案件时，都应当严格遵循法律法规的规定，确保案件处理的公正、合法和有效。如果你遇到了行政案件事实不清、证据不足的情况，可以根据案件所处的阶段，按照上述方式维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询。