公司调休有年休不用而扣员工底薪是不合法的。下面我将从法律角度详细解释这一问题：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工享有带薪年休假的权利。年休假是员工依法享有的休息时间，用人单位应予以保障，并不得因员工未使用年休假而扣减其底薪。
   • 同时，劳动法也规定了调休的相关制度，但调休应基于双方协商一致，且不得损害员工的合法权益。

2. 分析扣底薪的合法性：

   • 如果公司因员工未使用年休假而扣减其底薪，这实际上是对员工合法权益的侵害。因为年休假是员工依法享有的，未使用并不代表员工放弃了该权利，更不应成为公司扣减底薪的理由。
   • 此外，扣减底薪还可能涉及违反劳动法中关于工资支付的相关规定，如未及时足额支付劳动报酬等。

3. 建议与措施：

   • 如果员工遭遇此类情况，应首先与公司进行沟通，明确表达自己的立场和诉求，要求公司停止扣减底薪的行为。
   • 如果沟通无果，员工可以向当地劳动行政部门投诉，寻求法律援助和保护。
   • 在必要时，员工还可以依法提起劳动仲裁或诉讼，维护自己的合法权益。

综上所述，公司调休有年休不用而扣员工底薪是不合法的。员工应依法维护自己的权益，如有需要，可以向我咨询具体的法律问题和解决方案。