结论前置：员工休年休假期间，公司扣除全勤奖通常是不合法的，因为年休假是劳动者的法定权利，且休年休假等同于正常出勤。但具体是否扣除还需结合公司规章制度及法律规定来判断，若公司规章制度有明确且合理的规定，并经过了民主程序制定及公示，且不违反法律法规的强制性规定，则可能具有一定的合法性。不过，这种情况较为少见，且存在争议。
法律依据与解析
年休假性质与待遇：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工连续工作1年以上，享受带薪年休假。单位应保证职工享受年休假，且在年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着年休假是劳动者的法定权利，休年休假等同于正常出勤，单位不应因此扣除全勤奖或工资。
全勤奖的定义与目的：
- 全勤奖是企业为激励员工出满勤、保证工作正常开展而设立的奖励机制。其目的在于鼓励员工在正常工作日内不无故缺勤、迟到、早退。然而，年休假作为法律规定的带薪假期，不属于无故缺勤，因此不应将休年休假认定为非全勤，进而扣除全勤奖。
公司规章制度的影响与合法性判断
- 规章制度内容：尽管法律规定了年休假的性质和待遇，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。有些公司可能将年休假视为带薪假，不影响全勤考核；而有些公司可能有不同规定。
- 合法性判断：公司规章制度中关于年休假与全勤的规定，必须满足以下条件才具有法律效力：
- 经过合法程序制定：如经过民主程序讨论、公示或告知劳动者。
- 内容不违反法律法规的强制性规定：即不能违背《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规。
- 合理性考量：若规章制度明显不合理，损害了劳动者的合法权益，即使经过合法程序制定，也可能被认定为无效。例如，若公司规章制度规定“休年休假即扣除全勤奖”，且未提供其他合理理由或补偿，则该规定可能因损害劳动者权益而被视为无效。
劳动者应对策略
对于劳动者而言，如果遇到年休假被扣除全勤奖的情况，应采取以下策略来维护自己的合法权益：
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求其按照法律规定支付全勤奖。在沟通过程中，劳动者可以引用《职工带薪年休假条例》等相关法律法规，以增强自己的说服力。
- 法律途径：若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。在申诉过程中，劳动者应提供充分的证据来证明自己的年休假是合法且符合规定的，如考勤记录、年休假申请单等。
特殊情况说明
虽然年休假扣全勤通常是不合法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果劳动者在休年休假期间同时享受了其他非法定假期（如病假、事假等），且这些假期在公司的规章制度中被明确规定为影响全勤考核的因素，那么公司可能根据规章制度扣除部分全勤奖。然而，这种情况需要具体分析，且公司规章制度必须满足上述合法性判断的条件。
总结：员工在休年休假期间应享受与正常工作期间相同的待遇和福利，包括全勤奖等奖励制度。用人单位应遵守劳动法规定，保障员工的合法权益不受侵害。如遇到因休年休假而被扣除全勤奖的情况，员工应依法维权，通过沟通协商、投诉举报或劳动仲裁等途径保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。