企业因辞退残疾人而扣除当年企业垫付的社保缴费，这一行为是否合法，需根据具体情况分析。

1. 社保缴费的性质：社保缴费是企业和员工共同承担的法定责任，企业为员工缴纳社保是其法定义务，不应作为可扣除的款项。企业垫付的社保缴费，本质上也是企业应承担的社保费用部分，不应转嫁到员工身上。

2. 辞退与社保缴费的关系：辞退员工是企业与员工解除劳动关系的行为，而社保缴费是基于劳动关系存在的法定义务。两者在法律上是独立的，不应将辞退作为扣除社保缴费的理由。

3. 残疾人保护法规：根据《残疾人保障法》等相关法律法规，残疾人在就业方面享有平等权利，企业不得因残疾而歧视或不公平对待员工。因此，以残疾为由扣除社保缴费更是违法的。

4. 合同与协议：如果企业与员工在劳动合同或其他协议中明确约定了某种情况下可以扣除社保缴费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么企业可能有权根据约定进行扣除。但这种情况较为罕见，且必须确保约定的合法性。

综上所述，企业因辞退残疾人而扣除当年企业垫付的社保缴费，在一般情况下是不合法的。如果企业坚持这样做，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。