结论：公司因员工持有残疾证而扣除1000元工资的行为，是否合法需分情况讨论，但在大多数情况下，这种扣除行为是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：

一、从工资支付与扣除的法律规定角度

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者因提供劳动而应得的报酬，用人单位应当按时足额支付工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。除非存在以下法定情形，用人单位不得随意扣除劳动者工资：

1. 代扣代缴个人所得税：用人单位需依法为劳动者代扣代缴个人所得税。
2. 代扣代缴社会保险费用：用人单位需依法为劳动者代扣代缴社会保险费用。
3. 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费：根据法院判决或裁定，用人单位需代扣劳动者的抚养费、赡养费。
4. 法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用：如劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

分析：在您所描述的情况中，公司因员工持有残疾证而扣除1000元工资，并不属于上述法定扣除情形。因此，这种扣除行为在大多数情况下是不合法的。

二、从残疾人就业保障的角度

国家鼓励和支持残疾人就业，并出台了一系列政策措施来保障残疾人的就业权益。用人单位应当按照国家有关规定，为残疾人提供平等的就业机会和就业条件，不得歧视残疾人。

分析：公司因员工持有残疾证而扣除工资，实际上是对残疾人的一种歧视行为，违反了国家关于残疾人就业保障的相关规定。这种行为不仅损害了残疾人的合法权益，也破坏了社会的公平与正义。

三、从实际操作与建议的角度

1. 与公司沟通：首先，您可以尝试与公司进行沟通，了解扣除工资的具体原因，并表达您的异议和诉求。如果公司能够给出合理的解释并纠正错误，那么问题可能得到妥善解决。
2. 向劳动监察部门投诉：如果公司拒绝沟通或无法给出合理解释，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门将依法对公司的违法行为进行调查处理，并维护您的合法权益。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果未能满足您的诉求，您还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。通过法律途径来维护自己的合法权益。

额外提醒：作为劳动者，您有权了解自己的工资构成和扣除情况。如果公司存在违法行为或侵犯您的合法权益，您应当及时采取措施来维护自己的权益。同时，我也建议您在今后的工作中多了解一些劳动法律法规，以便更好地保护自己的合法权益。

总结：公司因员工持有残疾证而扣除1000元工资的行为，在大多数情况下是不合法的。您可以通过与公司沟通、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。