结论：社保扣一千多是否合法不能一概而论，需结合缴费基数、缴费比例以及所在地区政策综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 缴费基数与比例的合法性
   根据《社会保险法》及地方规定，社保缴费基数通常为职工上年度月平均工资的60%-300%之间（具体比例由地方确定）。若公司以职工实际工资为基数，且工资水平较高（例如月工资1.5万-2.5万元），按当地规定的比例（如养老保险个人8%、医疗保险个人2%、失业保险个人0.5%等）计算，个人扣款可能超过一千元，此时合法。
   但若公司故意虚报缴费基数（如按最低基数申报），导致个人扣款减少，则涉嫌违法，职工可要求公司补缴或向社保部门投诉。

2. 地区差异的影响
   不同地区的社保缴费比例和基数上限存在差异。例如，一线城市缴费基数上限较高（如北京2023年上限为33891元/月），若职工工资超过上限，公司按上限计算缴费，个人扣款可能较高；而三四线城市缴费基数上限较低，扣款金额通常较少。
   需查询当地社保政策，确认公司是否按法定标准执行。

3. 公司是否足额缴纳社保
   即使个人扣款一千多，仍需核实公司是否按相同比例为员工缴纳单位部分（如养老保险单位16%、医疗保险单位8%等）。若公司未足额缴纳单位部分，仅通过提高个人扣款掩盖少缴事实，则属于违法行为。
   职工可通过社保对账单或社保局查询系统核实缴费明细。

4. 特殊情况：补充保险或代扣代缴
   若公司为员工购买了补充养老保险、补充医疗保险等商业保险，或代扣代缴个人所得税、住房公积金等费用，可能导致扣款总额较高。但此类费用需明确告知员工并经同意，否则可能涉及侵权。
   建议要求公司提供工资条，明确各项扣款的具体项目和金额。

行动建议：

1. 核对工资条中的社保扣款明细，确认缴费基数和比例是否符合当地政策；
   
2. 登录当地社保局官网或APP查询个人缴费记录，核实公司是否足额缴纳；
   
3. 若发现公司存在违法情形，可向当地社保部门投诉或申请劳动仲裁，要求补缴社保并赔偿损失。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体地区的社保政策或维权流程。