结论：公司每月从您5200元工资中扣除1000元交社保是否合法，需结合社保缴费基数、比例及当地政策综合判断，目前无法直接认定合法或违法，需进一步核查具体数据。以下是详细分析：
1. 社保缴费的合法性判断依据
根据《社会保险法》及《社会保险费征缴暂行条例》，社保缴费需满足以下条件：
- 缴费基数：需在当地社保部门公布的上下限范围内（通常为社平工资的60%-300%）。若您的工资低于下限，应按下限缴费；若高于上限，应按上限缴费。
- 缴费比例：由当地政策规定，单位和个人分别承担一定比例（如养老单位16%、个人8%；医疗单位8%、个人2%等，具体比例因地而异）。
- 总缴费金额：需通过“缴费基数×（单位比例+个人比例）”计算，且个人承担部分不得超过法定比例。
2. 您的案例中需核查的关键数据
假设您所在地区社保政策如下（以常见比例为例，具体需以当地政策为准）：
- 养老保险：单位16%，个人8%
- 医疗保险：单位8%，个人2%
- 失业保险：单位0.5%，个人0.5%
- 工伤保险+生育保险：单位承担，个人不缴费
若您的工资5200元为缴费基数：
- 个人应承担部分 = 5200×(8%+2%+0.5%) = 5200×10.5% ≈ 546元/月。
- 公司扣除1000元远超法定个人承担部分，可能存在违法情形（如单位将单位部分转嫁给您，或虚构缴费基数）。
若5200元低于当地缴费基数下限（如社平工资60%为4000元）：
- 缴费基数应按4000元计算，个人应承担部分 = 4000×10.5% = 420元/月。
- 扣除1000元仍违法，且单位可能存在少报缴费基数的问题。
若5200元高于当地缴费基数上限（如社平工资300%为15000元）：
- 缴费基数应按15000元计算，个人应承担部分 = 15000×10.5% = 1575元/月。
- 扣除1000元未超上限，但需确认单位是否按实际工资申报缴费基数（若单位未按上限申报，可能违法）。
3. 可能存在的违法情形
- 单位将单位应缴部分转嫁给个人：如单位本应承担养老16%、医疗8%等，却要求您一并承担。
- 虚构缴费基数：单位未按您实际工资申报缴费基数，导致个人承担比例异常。
- 超比例扣费：个人承担部分超过法定比例（如养老+医疗+失业超过10.5%）。
4. 您的应对建议
- 核查社保缴费明细：要求单位提供社保缴费凭证，明确缴费基数、单位和个人承担金额。
- 对比当地政策：登录当地社保局官网或拨打12333热线，查询缴费基数上下限及比例。
- 投诉维权：若发现单位违法，可向当地社保稽核部门举报，或申请劳动仲裁要求返还多扣费用。
如有进一步疑问（如具体地区政策、维权流程等），可直接向我咨询，我将结合您所在地区政策详细解答。