公司扣押在职职工的个人残疾证是违法的，这一行为严重侵犯了员工的合法权益，员工应依法维护自己的权益。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据

1. 《中华人民共和国残疾人保障法》：该法律规定，残疾人证是认定残疾人及残疾类别、等级的合法凭证，是残疾人依法享有国家和地方政府优惠政策的重要依据。残疾人证由残疾人本人或其监护人妥善保管，任何组织或者个人不得非法扣押。
2. 《中华人民共和国劳动合同法》第九条：明确规定用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。残疾证作为劳动者的个人重要证件，同样受到法律的保护，单位无权扣押。

违法后果

公司扣押职工残疾证的行为，不仅侵害了职工对自身证件的合法持有和支配权利，还可能导致职工无法正常使用残疾证去享受应有的政策优惠和福利，从而严重损害了职工的合法权益。此外，公司还需承担以下法律责任：

1. 行政责任：劳动行政部门有权勒令用人单位在期限内归还员工证件，并根据相关法律规定对单位进行处罚。
2. 赔偿责任：如果因扣押残疾证造成了劳动者的损失，如无法享受优惠政策导致的经济损失等，劳动者可以要求单位承担相应的赔偿责任。

维权途径

面对公司扣押残疾证的情况，职工可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

1. 协商：首先尝试与公司进行沟通，明确要求公司返还残疾证。这是最为直接且成本较低的解决方式。
2. 投诉：若协商未果，职工可以向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门进行查处，并要求公司退还证件。
3. 仲裁/诉讼：在必要情况下，如公司拒绝退还或劳动监察部门处理不力，职工还可以向当地劳动仲裁机构提起仲裁，或通过法律途径向法院提起诉讼，以维护自身的合法权益。

实际案例与警示

在实际案例中，已有公司因扣押员工残疾证而被相关部门查处并受到处罚。例如，某企业被举报存在扣押残疾人证的情况后，当地残联迅速介入调查，并要求企业立即整改。如果企业拒不改正，将面临法律制裁。这警示我们，公司应严格遵守相关法律法规，尊重并保护职工的合法权益；同时，职工也应积极了解自己的权益，并在权益受到侵害时依法维权。

综上所述，公司扣押在职职工的个人残疾证是明确的违法行为，不仅侵犯了职工的合法权益，还可能导致公司面临严重的法律后果。如果你或你身边的人遇到了类似的情况，请勇敢地站出来，通过合法途径维护自己的权益。如果你还有其他法律问题，欢迎直接向我咨询。