加班时长第二年失效并不违法。这是因为加班时长的计算通常按照年度进行，到了新的一年，上一年的加班时长就会清零，不会累积到下一年。这是大多数公司或行业的通常做法，也符合劳动法的相关规定。

不过，这里需要明确的是，虽然加班时长第二年失效不违法，但公司在安排员工加班时，仍然需要遵守劳动法的相关规定，确保员工的加班时长不超过法定标准，即每日不超过3小时，每月不超过36小时，并确保员工得到足够的休息和补偿。

如果公司违反了劳动法的相关规定，比如强制员工过度加班、不支付加班费或未提供必要的休息时间，那么员工就有权向劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。

因此，加班时长第二年失效本身并不违法，但公司在管理员工加班时，必须严格遵守劳动法的相关规定，确保员工的权益得到保障。如果你在这方面有任何疑问或问题，可以直接向我咨询。