当员工在同一个工厂发生两次工伤时，赔偿问题的处理需要遵循一定的法律程序和规定。以下是对此问题的详细解答：
一、工伤认定与劳动能力鉴定
分别认定：
- 每次工伤均需单独申请认定，提交相关材料，如医疗诊断证明、事故见证人笔录、工作记录等。
- 认定时限需注意，通常自事故发生之日起1年内提出。
因果关系判定：
- 若后次伤害与前次存在关联（如旧伤复发），可能需要进行合并处理，并由专业机构进行损伤参与度鉴定。
分别鉴定：
- 每次工伤都需进行独立的劳动能力鉴定，以确定伤残等级。
- 存在多处伤残时，按晋级原则确定最终等级。
二、赔偿计算
赔偿项目主要包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残补助金、就业补助金等。
医疗费用：
- 按实际支出报销，包括康复费用。
- 需注意区分新旧伤治疗费用的关联性。
停工留薪期工资：
- 分别计算每次工伤的医疗期和工资待遇。
- 标准为原工资福利待遇不变。
伤残补助金：
- 根据每次工伤的伤残等级计算一次性补助金。
- 如七级至十级伤残，可获得7-27个月工资补偿（具体根据伤残等级和当地政策确定）。
就业补助金：
- 劳动合同期满终止或职工提出解除劳动合同时支付。
- 通常按多次工伤中的最高伤残等级计发（具体金额依当地规定）。
三、特殊注意事项
单位责任：
- 若单位未依法参保，则需全额承担赔偿责任，包括医疗费、护理费、伤残津贴等全部法定项目。
民事索赔：
- 若存在第三方侵权，员工可主张双重赔偿，但医疗费等直接损失不得重复受偿。
程序衔接：
- 劳动仲裁时效为1年，员工需在此期限内提出仲裁申请。
- 可同时主张工伤赔偿与人身损害赔偿，但需注意相关法律规定和程序。
四、典型案例参考
以某工人为例，其左手首次工伤致九级伤残，半年后右手再次工伤致八级伤残。处理结果为：分别完成两次工伤认定，最终评定为七级伤残（按晋级原则），获得合计29个月工资的伤残补助金，并保留劳动关系享受相应津贴。
综上所述，对于员工在同一个工厂发生的两次工伤，应依法进行逐次认定和鉴定，并根据每次工伤的情况分别享受相应的工伤保险待遇。同时，员工也需关注地区差异和政策变化，及时咨询相关部门或专业人士以确保自己的权益得到妥善保障。