当员工在同一个工厂内发生两次工伤时，赔偿问题应当结合具体的工伤保险法规以及个案的实际情况来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
- 《工伤保险条例》（及后续修订版本）：这是处理工伤问题的核心法律依据，其中明确了工伤的认定范围、医疗待遇、伤残补助等标准。
- 地方实施细则：如各地的《工伤保险条例》实施细则，可能包含针对特殊情形的补充规定。
二、赔偿处理流程
1. 工伤认定阶段
- 分别申请认定：每次工伤都需要单独申请认定，提交包括医疗诊断证明、事故见证人笔录、工作记录等相关材料。
- 时限注意：通常需要在事故发生之日起1年内提出工伤认定申请。
- 因果关系判定：如果后次伤害与前次存在关联（如旧伤复发），可能需要专业机构进行损伤参与度鉴定，以确定是否合并处理。
2. 劳动能力鉴定阶段
- 分级评定：每次工伤都会对应一个独立的鉴定结论。如果存在多处伤残，会按照晋级原则确定最终的伤残等级。
- 特殊情形处理：例如，如果双眼受伤导致不同等级的伤残，通常会取较高等级上浮一级。
3. 赔偿计算阶段
- 医疗费用：按实际支出报销，包括康复费用，但需要注意区分新旧伤治疗费用的关联性。
- 停工留薪期工资：分别计算每次工伤的医疗期和工资待遇，标准为原工资福利待遇不变。
- 伤残补助金：根据最新的伤残等级计算一次性补助金。例如，七级至十级伤残可以获得7-27个月工资的补偿。
- 就业补助金：在解除劳动关系时支付，具体标准可能因地区而异。例如，在某些地区，这一标准可能为25-15个月工资（以统筹地区上年度职工月平均工资为基数）。
三、特殊注意事项
- 单位责任强化：如果单位未依法为员工参保，那么单位需要全额承担包括医疗费、护理费、伤残津贴等在内的全部法定赔偿项目。
- 民事索赔路径：如果存在第三方侵权，员工可以主张双重赔偿，但医疗费等直接损失不得重复受偿。
- 程序衔接要点：劳动仲裁时效通常为1年，员工可以在此期限内同时主张工伤赔偿与人身损害赔偿。
四、典型案例参考
以某工人左手首次工伤致九级伤残，半年后右手再次工伤致八级伤残为例：
- 该工人分别完成了两次工伤认定。
- 最终，其伤残等级被评定为七级（根据晋级原则）。
- 该工人获得了合计29个月工资的伤残补助金。
- 保留了劳动关系并享受相应的津贴。
综上所述，当员工在同一个工厂内发生两次工伤时，赔偿问题需要根据具体的工伤保险法规、地方实施细则以及个案的实际情况来综合判断和处理。