结论前置：在公司三年内发生两次工伤的赔偿，需依据《工伤保险条例》及相关地方规定，对每次工伤分别进行认定、鉴定，并据此计算赔偿。赔偿项目通常包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残补助金等，具体赔偿标准和流程依地方政策而定。

一、工伤认定与鉴定

1. 分别认定：

   • 根据《工伤保险条例》第十四条，每次工伤均需单独申请认定，提交医疗诊断证明、事故报告等材料。
   • 认定时限为事故发生之日起1年内，特殊情况可适当延长。

2. 劳动能力鉴定：

   • 每次工伤后，待伤情稳定，需进行劳动能力鉴定，确定伤残等级。
   • 鉴定由设区的市级劳动能力鉴定委员会负责，提供相关资料进行申请。

二、赔偿项目与计算

1. 医疗费用：

   • 按实际支出报销，包括治疗费、康复费等，需符合工伤保险诊疗项目目录等规定。

2. 停工留薪期工资：

   • 根据《工伤保险条例》第三十三条，工伤职工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由单位按月支付。
   • 停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况可延长但不超过12个月。

3. 伤残补助金：

   • 根据伤残等级，从工伤保险基金支付一次性伤残补助金。
   • 具体标准为：七级伤残13个月工资，八级伤残11个月工资，九级伤残9个月工资，十级伤残7个月工资。

4. 其他赔偿：

   • 如伤残津贴、生活护理费、一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金等，根据伤残等级和地方政策确定。

三、赔偿流程

1. 申请工伤认定：对每次工伤分别向社会保险行政部门提出认定申请。
2. 进行劳动能力鉴定：根据认定结果，向劳动能力鉴定委员会申请鉴定伤残等级。
3. 计算并支付赔偿：根据鉴定结果和地方政策，计算各项赔偿金额，并由工伤保险基金或用人单位支付。

四、注意事项

• 单位责任：若单位未依法参加工伤保险，则需承担全部赔偿责任。
• 时效问题：注意劳动仲裁时效为1年，及时主张权益。
• 地方政策差异：赔偿标准和流程可能因地方政策而异，建议咨询当地社保部门或专业律师。

五、举例说明

假设小张在某公司三年内先后发生两次工伤，第一次被鉴定为九级伤残，第二次被鉴定为八级伤残。根据地方政策，小张可获得以下赔偿：

• 两次一次性伤残补助金：第一次9个月工资，第二次11个月工资。
• 停工留薪期工资：按实际停工留薪期计算，原工资福利待遇不变。
• 其他赔偿项目：根据伤残等级和地方政策确定，如伤残津贴、生活护理费等。

我建议：在实际操作中，应详细了解当地工伤保险政策和赔偿标准，确保权益得到充分保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。