当员工在同一个工厂发生两次工伤时，赔偿问题确实需要细致且全面的处理。以下是我为您详细梳理的赔偿流程和相关法律依据：
一、工伤认定与劳动能力鉴定
工伤认定：
- 每次工伤都需要单独进行认定。根据《工伤保险条例》，职工发生事故伤害或被诊断、鉴定为职业病后，所在单位应在30日内向社会保险行政部门提出工伤认定申请。若单位未按时申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日或被诊断为职业病之日起1年内提出申请。
- 认定时需准备医疗诊断证明、事故见证人笔录、工作记录等相关材料。
劳动能力鉴定：
- 工伤职工伤情相对稳定后，若存在残疾、影响劳动能力的情况，应进行劳动能力鉴定。
- 鉴定由用人单位、工伤职工或其近亲属向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，并提供相关资料。
- 两次工伤需分别进行劳动能力鉴定，以确定不同的伤残等级。
二、赔偿原则与项目
赔偿原则：
- 一次性伤残补助金按每次工伤的伤残等级分别计算，互不影响。
- 一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金的处理方式可能因地区而异。部分地区采用“就高不就低”原则，即按较高伤残等级支付；部分地区则允许分别计算，但可能有限制或调整。
赔偿项目：
- 医疗费用：包括挂号费、检查费、治疗费等，由工伤保险基金或用人单位支付（视是否缴纳工伤保险而定）。
- 停工留薪期工资：工伤职工暂停工作接受治疗期间，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况可延长但不超过12个月。
- 伤残补助金：根据伤残等级，从工伤保险基金支付一次性伤残补助金。具体标准为不同伤残等级对应不同的月数乘以本人工资。
- 伤残津贴：一至六级伤残的职工，每月可从工伤保险基金获得相应伤残津贴。
- 生活护理费：生活不能自理的工伤职工，在停工留薪期需要护理的由单位负责；经评定需长期护理的，从工伤保险基金按月支付生活护理费。
- 一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金：职工与用人单位解除或终止劳动关系时可能获得，具体支付主体和标准依地区规定。
三、赔偿流程
- 分别申请工伤认定：对每一次工伤都进行认定，由社会保险行政部门调查核实后作出决定。
- 进行劳动能力鉴定：每次工伤认定后进行劳动能力鉴定，确定伤残等级。
- 计算并支付赔偿费用：根据工伤认定和劳动能力鉴定的结果，按照相应的赔偿项目和标准计算赔偿费用，并由工伤保险基金或用人单位支付。
四、举例说明
假设某员工在某工厂先后遭遇两次工伤，第一次被鉴定为十级伤残，第二次被鉴定为九级伤残，且所在地区规定一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金按照“就高不就低”原则处理。则：
- 该员工可获得两次一次性伤残补助金，分别为7个月和9个月的本人工资。
- 当该员工与工厂解除劳动关系时，按九级伤残的标准支付一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金，不再支付十级伤残对应的该项赔偿。
五、特殊注意事项
- 单位责任强化：若单位未依法为员工缴纳工伤保险，则需全额承担赔偿责任，包括医疗费、护理费、伤残津贴等全部法定项目。
- 民事索赔路径：若存在第三方侵权的情况，员工可主张双重赔偿，但医疗费等直接损失不得重复受偿。
- 程序衔接要点：劳动仲裁时效为1年，员工需在规定时间内提出仲裁申请。同时，员工可同时主张工伤赔偿与人身损害赔偿。
在实际操作中，由于地区和政策差异，赔偿流程和标准可能有所不同。因此，建议您咨询当地的社会保险行政部门或专业律师以获取准确信息。