不构成违法解除。员工在钉钉上提出离职，其上级已经批准，但人事部门一年后才正式批准，这种情况通常不构成违法解除，具体分析如下：

1. 离职申请的生效：一般来说，员工提出离职申请，需要经过公司内部的审批流程。在这个过程中，上级的批准只是其中的一环，人事部门的最终批准才是决定离职是否正式生效的关键。因此，即使上级已经批准，但如果人事部门未予批准，离职申请并未正式生效。

2. 法律对于离职的规定：根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位与劳动者解除劳动关系，需要按照法定的程序进行。如果用人单位未经法定程序即解除与劳动者的劳动关系，可能构成违法解除。然而，在本案例中，人事部门一年后才批准离职，这一行为并未违反法定的解除程序，因此不构成违法解除。

3. 实际情况的考量：虽然人事部门批准离职的时间较晚，但如果在这期间，员工仍然正常履行工作职责，且公司也按照约定支付了工资等劳动报酬，那么可以认为双方之间的劳动关系仍然有效。因此，从实际情况来看，也不构成违法解除。

综上所述，员工钉钉离职其上级批过，人事没有批，一年后人事才批，这一行为通常不构成违法解除。如果员工对此有异议，可以与公司进行沟通协商，或者通过法律途径维护自己的合法权益。如有其他法律问题，可以直接向我咨询。