结论前置：员工提交离职申请但未完成办理流程，公司直接解除劳动合同是否违法，需根据具体情况判断，一般而言，若公司无合法理由解除，则构成违法解除。以下从不同角度进行分析：
一、员工提交离职申请的法律性质
员工提交离职申请，通常视为员工向公司表达了离职的意愿，但这并不等同于劳动合同的即时解除。根据《劳动合同法》的相关规定，员工离职需遵循一定的程序，包括提前通知公司（试用期提前三日，非试用期提前三十日）等。在员工未完成离职办理流程前，其与公司之间的劳动关系仍然存续。
二、公司解除劳动合同的合法性判断
合法解除的情形：
- 若员工在提交离职申请后，存在严重违反公司规章制度、严重失职、营私舞弊给公司造成重大损害等情形，公司有权依据《劳动合同法》的相关规定，立即解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
- 若员工与公司在离职申请提交后，就离职事宜达成一致，并签订了离职协议，明确约定了离职日期及双方的权利义务，公司按照协议约定解除劳动合同，亦属合法。
违法解除的情形：
- 若员工仅提交了离职申请，但未违反公司规章制度，也未给公司造成重大损害，且双方未就离职事宜达成一致，公司直接解除劳动合同，则构成违法解除。此时，员工有权要求公司继续履行劳动合同，或者要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金（按照经济补偿标准的二倍计算）。
三、具体案例分析
假设员工A向公司提交了离职申请，但尚未完成离职办理流程。在此期间，公司以“员工已提出离职，不再需要其继续工作”为由，直接解除了与A的劳动合同。此情况下：
- 若A未违反公司规章制度，也未给公司造成重大损害，且双方未就离职事宜达成一致，则公司的解除行为构成违法解除。A有权要求公司继续履行劳动合同，或者要求公司支付赔偿金。
- 若A在提交离职申请后，存在严重违反公司规章制度等情形，公司解除劳动合同则属合法，无需支付赔偿金。
四、建议与风险提示
对于员工而言：
- 在提交离职申请前，应仔细阅读公司规章制度及劳动合同中关于离职的相关规定，确保自己的离职行为符合公司要求。
- 在离职申请提交后，应积极与公司沟通，尽快完成离职办理流程，以避免不必要的纠纷。
- 若公司违法解除劳动合同，应及时收集证据，通过法律途径维护自己的合法权益。
对于公司而言：
- 在收到员工离职申请后，应尽快与员工沟通，明确离职日期及双方的权利义务。
- 若员工存在违反公司规章制度等情形，公司应依法解除劳动合同，并保留好相关证据。
- 避免在无合法理由的情况下直接解除劳动合同，以免引发法律纠纷。
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