结论前置：
在您所描述的情况下，员工因公司撤销分店而被要求回总公司上班，但由于距离太远选择辞职，一般情况下是没有经济赔偿的。但如果公司未按照法律规定提前通知或支付经济补偿，则员工有权要求赔偿。
分析说明：
一般情况下的辞职：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，如果劳动者因个人原因（如距离太远）主动提出解除劳动合同，用人单位一般不需要支付经济补偿金。这是因为经济补偿金主要是为了补偿劳动者在用人单位存在的违法行为或特定情况下所受到的损失，而个人原因离职并不属于这些情况。
公司未依法操作的情况：
- 公司撤销分店属于客观情况发生重大变化。若公司因此与员工解除劳动合同，应提前30天书面通知员工或额外支付1个月工资，并按工作年限每满1年支付1个月工资作为经济补偿。
- 如果公司未按照上述程序操作，即未提前通知或支付经济补偿，就直接与员工解除劳动合同，那么公司的行为构成违法解除。在这种情况下，员工可以要求公司按经济补偿标准的2倍支付赔偿金。
法律建议：
- 协商赔偿：首先，您可以尝试与公司协商赔偿事宜，看是否能就经济补偿达成一致。
- 收集证据：如果协商不成，建议您收集劳动合同、工资流水、工作证等相关证据，以备后续维权之需。
- 申请仲裁：若公司拒绝支付经济补偿或赔偿金，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护您的合法权益。
综上所述，员工因公司撤销分店而辞职，在一般情况下是没有经济赔偿的。但如果公司未依法操作，员工则有权要求赔偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。