公司协商解除劳动合同并写了赔偿款但公司没盖章，劳动者签字了，这样的协议不一定有效。具体分析如下：

1. 协议有效性的判断：

   • 在协商一致解除劳动合同的情形下，协议需要用人单位与劳动者双方签字或盖章。
   • 若签字的是用人单位的法定代表人、负责人或经授权的委托代理人，即使没有盖章，该签字也能代表用人单位的意志，此时解除协议有效。
   • 若签字人员无相应授权且协议又没有盖章，则协议的效力存在瑕疵。

2. 实际履行原则的应用：

   • 如果劳动者已经实际按照解除协议履行了义务，比如办理了工作交接、离职手续等，且用人单位也接受了这些行为，那么依据实际履行原则，可以认定解除劳动合同的行为有效。

3. 潜在风险与建议：

   • 尽管依据实际履行原则可能认定协议有效，但缺乏盖章的协议在后续若发生劳动纠纷时，可能导致证据不足或用人单位以未盖章为由否认协议效力，从而给劳动者维权带来困难。
   • 因此，建议劳动者在签订解除劳动合同时，应确保协议上有用人单位的盖章或签字，并保留好相关证据，以维护自己的合法权益。

综上所述，公司协商解除劳动合同并写了赔偿款但公司没盖章，劳动者签字了的情况下，协议的有效性取决于具体情况。如果签字人员有授权或双方已实际履行，则协议可能有效；否则，协议的效力存在瑕疵。为确保自身权益，建议劳动者在签订协议时务必谨慎，并确保协议的完整性和合法性。