协商解除劳动关系时，若公司代表人和员工双方都有签名但没有盖章，该协议是否有效需分情况讨论：

1. 有公司法定代表人签字，即便没盖章，通常也有效
   根据法律规定及实务操作，公司法定代表人代表企业行使职权，其签字行为可视为企业的意思表示。因此，若协商解除劳动合同的文本上有公司法定代表人的签字，即便没有盖章，该协议通常也是有效的。这种情况下，法定代表人的签字已经足够表明公司同意解除劳动关系。

2. 既无盖章也无法定代表人签字，但双方已实际履行，可能构成事实解除
   如果协商解除劳动合同的协议上既没有盖章，也没有法定代表人的签字，但双方已经按照协商解除劳动合同的内容实际履行，比如员工已办理离职交接，企业也支付了相应的经济补偿等，这种情况下也可能被认定该协商解除行为有效。这是因为双方的实际行为已经表明了他们同意解除劳动关系，形成了事实上的解除。

3. 合同中明确规定需盖章才生效，未盖章则不具备法律效力
   如果劳动合同或协商解除协议中明确规定了需要盖章才生效，那么在该协议未盖章的情况下，它通常就不具备法律效力。这是因为合同双方已经通过书面形式明确约定了生效条件，未满足这些条件则协议不生效。

4. 既无盖章、签字，又无实际履行行为，难以认定解除有效
   如果协商解除劳动合同的协议上既没有盖章，也没有法定代表人的签字，且双方也没有实际履行协议内容，那么这种情况下就难以认定解除有效。因为缺乏足够的证据表明双方同意解除劳动关系。

建议：

• 为避免纠纷，最好在协商解除劳动合同时既盖章又有相关负责人签字。这样可以明确双方的意思表示，减少后续可能出现的争议。
• 如果协议上只有签名没有盖章，建议尽快补盖公章或要求法定代表人补签。以确保协议的法律效力，保护双方的合法权益。
• 在实际操作中，双方应保留好相关证据。如协商解除协议的文本、离职交接单、经济补偿支付凭证等，以备不时之需。

可能后果：

• 如果协商解除协议被认定无效，那么双方可能需要继续履行原劳动合同或承担其他法律责任。
• 如果因此产生纠纷，双方可能需要通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决。这将耗费双方的时间和精力，并可能带来不必要的经济损失。