可以申请劳动仲裁。下面我将详细解释这一结论：

1. 劳动合同法36条的内容：

   • 《劳动合同法》第三十六条规定：“用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。”这意味着，如果双方达成了协议，可以合法地解除劳动关系。

2. 社保和公积金的缴纳问题：

   • 社保和公积金的缴纳是用人单位的法定义务，且应按照劳动者的实际工资进行缴纳。如果用人单位未按照实际工资缴纳社保和公积金，这违反了相关法律法规。

3. 劳动仲裁的适用性：

   • 劳动者与用人单位之间因社保和公积金缴纳问题产生的争议，属于劳动争议范畴，可以通过劳动仲裁来解决。
   • 即使劳动合同是依据《劳动合同法》第三十六条协商解除的，但并不意味着劳动者放弃了追究用人单位在社保和公积金缴纳方面的法律责任。

4. 申请劳动仲裁的建议：

   • 在申请劳动仲裁前，建议劳动者先与用人单位进行沟通，尝试通过协商解决问题。
   • 如果协商无果，劳动者可以准备相关证据（如工资单、社保缴纳记录等），向当地的劳动仲裁委员会提出仲裁申请。

综上所述，即使劳动合同是依据《劳动合同法》第三十六条协商解除的，劳动者仍然有权就用人单位未按照实际工资缴纳社保和公积金的问题申请劳动仲裁。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。