结论前置：在综合工时制未获得许可的情况下，员工有权拒绝周末加班，且单位不能因此将员工记旷工并辞退。如果单位以此为由解除劳动合同，可能构成违法解除。

详细分析：

1. 综合工时制的许可问题：

   • 综合工时制是指因工作性质特殊或受季节、自然条件限制，需要在一段时间内连续工作，采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。
   • 实施综合工时制需要事先获得劳动行政部门的许可。如果单位未获得许可，就不能擅自实行综合工时制。

2. 员工拒绝周末加班的合理性：

   • 在标准工时制下，员工有权拒绝超出法定工作时间（即每日8小时，每周40小时）的加班。
   • 如果单位实行的是综合工时制但未获得许可，那么员工仍然有权按照标准工时制的规定来安排自己的工作时间，包括拒绝周末加班。

3. 单位记旷工并辞退的合法性：

   • 旷工通常是指员工无正当理由未按时到岗工作的行为。
   • 在员工拒绝周末加班的情况下，如果单位将此视为旷工并据此辞退员工，那么这种行为可能构成违法解除。因为员工拒绝的是未经许可的综合工时制下的周末加班，而非正常工作时间的到岗要求。

4. 法律后果与建议：

   • 如果单位以员工拒绝周末加班为由记旷工并辞退，员工可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，要求单位支付违法解除劳动合同的赔偿金。
   • 建议员工在拒绝加班时，明确表达自己的立场和理由，并保留好与单位的沟通记录作为证据。
   • 如果单位坚持要实行综合工时制，员工可以督促其尽快向劳动行政部门申请许可，以确保自己的合法权益不受侵害。

综上所述，员工在综合工时制未获得许可的情况下有权拒绝周末加班，且单位不能因此将员工记旷工并辞退。如果遭遇此类情况，员工可以依法维护自己的权益。