即使合同中有仲裁协议，当事人也可以向法院起诉主张合同无效。这是因为仲裁协议主要是针对合同纠纷的实体争议解决方式的约定，而合同无效的确认是关乎合同根本效力的问题，属于法院的专属管辖范围。

1. 合同无效与仲裁协议的关系：

   • 合同无效与仲裁条款无效并非必然关联。如果合同中存在仲裁条款，且该条款满足法律规定的仲裁协议要件（如明确的仲裁意思表示、仲裁事项以及选定的仲裁委员会等），那么该仲裁条款在有些情况下是可以独立于主合同而有效的。
   • 然而，在主张合同无效的情况下，由于这涉及到合同的根本效力问题，因此当事人可以向法院提起确认合同无效之诉。

2. 法院的处理方式：

   • 如果法院受理了确认合同无效的诉讼，并最终认定合同无效，但仲裁协议有效，那么关于仲裁事项的争议仍然需要通过仲裁来解决。
   • 如果法院在审查过程中发现仲裁协议本身也存在无效情形（如约定的仲裁机构不明确、仲裁事项超出法律规定的仲裁范围等），则仲裁协议无效，当事人可以通过诉讼来解决争议。

3. 实际操作建议：

   • 在签订合同时，应谨慎审查仲裁条款的合法性和有效性，确保仲裁机构明确、仲裁事项具体且符合法律规定。
   • 如果遇到合同纠纷，且合同中包含了仲裁条款，应首先分析纠纷的性质是否属于仲裁协议的范围，以及仲裁协议是否有效。
   • 如果认为合同存在法定无效情形，可以向有管辖权的法院提起确认合同无效之诉，同时关注仲裁协议的有效性问题。

综上所述，即使合同中有仲裁协议，当事人也有权向法院起诉主张合同无效。在处理此类问题时，应综合考虑合同无效与仲裁协议的关系、法院的处理方式以及实际操作建议等因素。