员工投诉老板不发工资，老板有可能会知道是谁，但这并不是绝对的。具体分析如下：
投诉方式的影响：
- 如果员工是通过匿名方式向劳动监察部门、劳动仲裁委员会或工会等机构进行投诉，那么这些机构通常会保护投诉者的隐私，不会将投诉者的身份透露给被投诉方，即老板。因此，在这种情况下，老板很难知道具体是哪位员工投诉了他。
- 如果员工是通过公开渠道或直接向老板提出投诉，那么老板自然就会知道是谁在投诉。
调查过程中的信息披露：
- 在投诉处理过程中，相关机构可能会进行调查，包括询问员工、查阅公司资料等。在这个过程中，如果机构认为有必要，可能会向老板透露一些与投诉相关的信息，但通常会尽量避免直接透露投诉者的身份。
- 然而，如果老板在调查过程中积极配合，并表现出对解决问题的诚意，相关机构可能会在保证隐私的前提下，向老板提供一些有助于解决问题的信息，这些信息可能间接让老板猜测到投诉者的身份。
法律对隐私的保护：
- 法律对投诉者的隐私有一定的保护规定，相关机构在处理投诉时必须遵守这些规定，确保投诉者的隐私不被泄露。
- 如果老板通过非法手段获取了投诉者的身份，那么他将面临法律责任。
综上所述，员工投诉老板不发工资后，老板是否会知道是谁在投诉取决于多种因素，包括投诉方式、调查过程以及法律对隐私的保护等。因此，员工在投诉时可以根据自己的情况和需求选择合适的投诉方式，以最大程度地保护自己的隐私。同时，老板也应该尊重员工的隐私和权益，积极解决工资问题，避免引发不必要的纠纷。