军工单位私自将进入单位的外包人员手机扣留是违法的。

首先，从法律角度来看，无论是军工单位还是其他任何单位，都没有权力私自扣留他人的手机。手机属于个人的私有财产，受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。军工单位若因管理需要，对外包人员进行安全检查或管理，应当遵循合法、合理、必要的原则，并在事先告知和征得同意的基础上进行。

其次，私自扣留手机可能侵犯了外包人员的合法权益，如通信自由、隐私权等。这些权益同样受法律保护，任何单位和个人都不得非法侵害。

最后，如果军工单位确实需要对外包人员进行某种形式的管理或限制，应当通过合法途径进行，比如制定相关规章制度，并明确告知外包人员。同时，也应当尊重外包人员的合法权益，不得随意侵犯。

综上所述，军工单位私自将进入单位的外包人员手机扣留是违法的，外包人员可以依法维护自己的合法权益。如果遇到此类情况，建议及时与军工单位沟通协商，要求归还手机；若协商无果，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。