关于您提出的“父亲已去世两年有遗嘱母亲还健在，父亲遗嘱能分配吗”的问题，我可以明确地告诉您：在父亲去世且留有合法有效遗嘱的情况下，遗产将按照遗嘱进行分配。以下是对这一结论的详细解释：

遗嘱的有效性

首先，我们要确认父亲留下的遗嘱是否合法有效。一份有效的遗嘱必须符合法律规定的形式要件和实质要件，比如遗嘱人必须具有立遗嘱能力，遗嘱内容必须真实、合法，且遗嘱中处分的财产必须是遗嘱人合法所有的财产等。如果遗嘱无效，那么将按照法定继承来分配遗产。

遗嘱的分配原则

在遗嘱合法有效的情况下，遗产将按照遗嘱中指定的方式进行分配。遗嘱中可以详细规定由哪个或哪些继承人继承全部或部分遗产，也可以设定条件或限制。母亲作为配偶，如果遗嘱中有她的份额，那么她将按照遗嘱获得相应的遗产。

特殊情况的处理

虽然遗嘱具有优先性，但在某些特殊情况下，法律也允许对遗嘱分配进行适当调整。比如，如果遗嘱中没有为缺乏劳动能力又没有生活来源的继承人保留必要的遗产份额，那么这部分遗产应当从遗嘱所确定的遗产中扣除，留给这些继承人。不过，这种情况在您提供的案例中并未提及，所以主要还是依据遗嘱进行分配。

实际操作建议

在实际操作中，建议您首先确认遗嘱的合法有效性。如果遗嘱无误，那么就可以按照遗嘱进行遗产分配。如果遗嘱存在争议或者您对遗产分配有任何疑问，建议您及时向我咨询，我会为您提供专业的法律指导和帮助。

综上所述，父亲去世且留有合法有效遗嘱的情况下，遗产将按照遗嘱进行分配。母亲作为配偶，如果遗嘱中有她的份额，她将依法获得相应的遗产。如果您在遗产分配过程中遇到任何问题或疑问，请随时向我提问。