当股东会已经决定免除监事的职务，但监事不配合时，公司可以采取相应的法律措施来确保决议的执行。以下是对此问题的详细解答：

结论前置

在股东会决议免除监事职务后，若监事不配合，公司可以以公司为原告，向法院提起诉讼，请求判令监事配合办理相关变更登记手续。

详细解答

1. 原告资格的确定：

   • 在此类纠纷中，原告通常应为公司本身，因为公司是请求变更登记的主体，也是监事职务变动后的直接受益者。
   • 股东会作为公司的决策机构，其决议代表了公司的意志，因此公司有权作为原告提起诉讼。

2. 法律依据：

   • 根据《公司法》及相关司法解释，股东会作为公司的最高权力机构，其作出的决议对公司及全体股东、董事、监事均具有约束力。
   • 监事作为公司的高级管理人员，有义务遵守公司章程和股东会的决议，配合办理相关变更登记手续。

3. 诉讼程序：

   • 公司应首先准备好相关证据材料，包括股东会决议、公司章程、监事不配合的证据等。
   • 然后，公司可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，请求判令监事配合办理相关变更登记手续。
   • 在诉讼过程中，公司应充分阐述其诉讼请求和事实理由，并提供充分的证据支持其主张。

4. 可能的法律后果：

   • 若法院认定监事确实存在不配合办理变更登记手续的行为，且该行为违反了公司章程和股东会的决议，法院可能会判令监事限期配合办理相关手续。
   • 若监事仍不履行判决，公司可以申请强制执行，通过法律手段强制其履行义务。

综上所述，当股东会决定免除监事的职务而监事不配合时，公司可以作为原告向法院提起诉讼，请求判令监事配合办理相关变更登记手续。这是维护公司正常运营和股东会决议权威性的必要法律措施。