加班工时不清零本身并不直接构成违法，关键在于用人单位是否依法处理了加班工时所对应的权益。
若用人单位已支付加班费或安排补休：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位若已按照法律规定支付了加班报酬（如延长工作时间支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬，休息日工作且不能安排补休时支付不低于工资的百分之二百的工资报酬，法定休假日工作支付不低于工资的百分之三百的工资报酬）或已合理安排补休，则此时对加班工时进行清零，是对已处理完毕的加班情况的管理操作，不构成违法。
若用人单位未支付加班费或未安排补休：
- 若用人单位在未支付加班报酬或未安排补休的情况下，单方面将加班工时清零，这实际上剥夺了劳动者主张加班报酬的权利，构成了对劳动者合法权益的侵害，此时加班工时清零的行为是违法的。
关于加班调休额度清零的特殊情况：
- 若用人单位与劳动者在劳动合同或员工手册中明确约定了调休额度的有效期，并在设定时提前告知了劳动者，那么在有效期届满时对未使用的调休额度进行清零，一般是合法的，但前提是该约定不违反法律法规的强制性规定，且不存在明显不合理的情形。
综上所述，加班工时清零是否违法，需结合用人单位是否已依法支付加班费或安排补休，以及是否与劳动者就相关事宜协商一致等因素来判断。劳动者在遇到此类争议时，应首先尝试与用人单位协商解决；若协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在维权过程中，妥善保留加班的相关证据至关重要。