工厂单纯按工时计算工资并不直接违法，但若加班工时超出法定限制则构成违法。以下从不同角度为你详细分析：
一、工时计算工资的合法性
工厂按工时计算工资，本身是一种合法的工资计算方式，只要这种计算方式符合劳动合同的约定，并且不低于当地的最低工资标准，就是合法的。关键在于，工厂在安排加班时，必须严格遵守国家关于加班时间的规定。
二、加班时间的法定限制
一般情况：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，工厂因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时。
- 在特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下，延长工作时间每日不得超过三小时，且每月累计加班时间不得超过三十六小时。
特殊情况：
- 《中华人民共和国劳动法》第四十二条规定了不受上述加班时间限制的特殊情形，如发生自然灾害、事故等紧急情况，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的；或者生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的等。
三、违法加班的法律后果
如果工厂违反法律规定延长劳动者工作时间，将面临以下法律后果：
- 行政处罚：根据《劳动保障监察条例》第二十五条，劳动保障行政部门将给予警告，责令限期改正，并可按受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准处以罚款。
- 劳动者权益保护：劳动者有权拒绝过度加班，并可通过与工厂协商、申请劳动仲裁或向劳动监察部门投诉等途径维护自身权益。
四、加班费支付标准
工厂在安排加班时，还应按照《中华人民共和国劳动法》的相关规定支付加班费：
- 延长工作时间：应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 休息日工作：如不能安排补休，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 法定休假日工作：应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
五、建议与提醒
- 工厂方面：应合理安排生产和工作时间，避免过度加班，确保劳动者的合法权益得到保障。同时，应建立健全的加班管理制度，明确加班的审批流程、加班费的支付标准等，以减少劳动纠纷的发生。
- 劳动者方面：如遇到工厂违法安排加班或未支付加班费的情况，应及时与工厂沟通协商，如协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
总之，工厂按工时计算工资并不违法，但必须严格遵守国家关于加班时间的规定，并支付相应的加班费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。