针对事业单位职工3年没上班的情况，单位应依据相关法律法规及规章制度，结合员工旷工的具体情形和原因，进行妥善处理。以下是对此问题的详细解答：
一、处理原则与法律依据
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，员工严重违反用人单位的规章制度时，用人单位可以解除劳动合同。
- 根据《事业单位工作人员管理条例》的相关规定，事业单位有权对连续旷工超过规定天数的员工解除聘用合同。
程序合法性：
- 单位在采取任何处理措施前，必须确保程序的合法性。
- 应向员工发出书面通知，要求其解释缺勤原因，并给予合理期限进行改正。
二、旷工情形的具体处理
一般旷工处理：
- 认定：员工未经请假或请假未获批准而擅自离岗视为旷工。
- 初期措施：对初次或短期旷工者，单位应进行批评教育，并口头或书面告诫，要求其改正。
- 经济处罚：单位可按旷工天数扣减员工的工资、奖金等福利待遇。
- 纪律处分：若员工连续旷工超过15个工作日，或者1年内累计旷工超过30个工作日，单位可给予警告、记过、降低岗位等级、撤职或开除等处分。在此情况下，单位有权解除与员工的聘用合同。
特殊情况处理：
- 涉嫌违法犯罪：若员工因涉嫌违法犯罪被限制人身自由，单位需等待司法机关的最终处理结果。若员工有罪并受刑事处罚，单位一般应予以开除。
- 因病或其他特殊原因：若员工因患病或其他特殊原因无法上班，应按单位规定办理请假手续并提供相应证明。经批准后，按病假等相关规定处理；未经批准或手续不全者，仍按旷工处理。
三、考虑员工请假情况与合理需求
- 单位在处理长期不上班的员工时，应充分考虑其是否存在合理的请假事由，如病假、事假、产假、陪产假、丧假、探亲假以及工伤假等，并建立健全的请假制度，明确请假条件、程序和期限。
四、其他管理措施
- 沟通协商：单位应与员工进行积极沟通，了解其不上班的具体原因和困难，尝试通过协商解决问题。
- 提供帮助：对于存在特殊情况需要单位照顾或支持的员工，单位可在合法合规的前提下提供必要的帮助。
- 加强制度建设：单位应加强规章制度的学习和宣传，提高员工对规章制度的认识和遵守意识，确保员工明确知晓旷工的后果和严重性。
综上所述，事业单位在处理长期不上班的员工时，应严格遵循法律法规和单位规章制度，确保处理程序的合法性和公正性。同时，单位也应兼顾员工的实际情况和合理需求，通过合法的程序、合理的经济处罚、必要的纪律处分以及人性化的管理措施来维护单位的正常秩序和员工的合法权益。