员工的借款直接用发票来冲抵是不合法的。下面我对此进行详细分析：
一. 税收与发票管理法规的约束
发票的合法使用：根据《中华人民共和国发票管理办法》第七条，发票是由税务机关确定的企业印制的，用于证明经济业务活动的发生。私自使用或滥用发票是违法的，必须按照法规的规定开具和使用。
税收征收的严肃性：依据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，任何形式的偷税行为，包括伪造、变造、隐匿账目或凭证，以及在账目上多列支出等，都是违法的。这些行为会导致税务机关追缴税款、滞纳金，并可能面临罚款甚至刑事责任。
二. 借款与发票冲抵的合法性分析
借款的本质：借款是公司或个人之间的资金借贷行为，它基于双方的借款协议或合同，并明确约定了还款方式、时间和金额。
发票的用途：发票是证明交易或经济活动的凭证，用于税务申报和抵扣。它不能作为偿还借款的直接方式。
冲抵的合法性：将员工的借款直接用发票来冲抵，实际上是在没有合法交易或经济活动支持的情况下，试图通过发票来规避税收或掩盖真实的资金流动。这种行为违反了税收和发票管理的相关法规。
三. 实际操作的建议
合规处理借款：对于员工的借款，公司应严格按照借款协议或合同进行管理和催收。借款的偿还应通过银行转账或其他合法的支付方式，并确保有完整的会计记录。
正确使用发票：发票应仅用于证明真实的交易或经济活动，并按照法规的要求进行开具、保存和申报。
综上所述，员工的借款不能直接用发票来冲抵，这是不合法的。公司应遵守税收和发票管理的相关法规，合规处理借款和发票事宜。如有进一步需要，您可以继续咨询我。