公司账户先借款后发票抵扣的操作，在符合一定条件下是合法的。具体分析如下：

一. 合法性分析

1. 借款与发票抵扣的关联性：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，以及《中华人民共和国企业所得税法》的相关规定，企业发生的借款和后续的发票抵扣，需确保两者具有直接的业务关联性。即，借款应是为了购买商品、接受服务或其他正当经营活动而发生的，且后续的发票应能证明该笔借款的实际用途。
2. 合规的财务处理：企业在财务处理上，需要确保借款的入账和发票的抵扣都符合会计准则和税法规定。借款应作为企业的负债进行记录，而发票的抵扣则需满足税法对于增值税进项税额抵扣的条件。

二. 操作注意事项

1. 明确借款用途：在借款时，应明确借款的用途，并确保该用途与后续的发票内容相匹配。
2. 及时取得发票：在发生借款后，应尽快取得合法、有效的发票，以证明借款的实际用途，并确保发票的内容与借款用途一致。
3. 合规的税务申报：在税务申报时，应如实申报借款和发票抵扣的情况，并遵守税法的相关规定。

三. 实例说明

• 例如，一家企业因购买原材料而向供应商预付了一笔借款。后续，供应商提供了相应的原材料，并开具了合法、有效的增值税专用发票。在这种情况下，企业可以先将借款入账，然后在取得发票后进行增值税进项税额的抵扣。

我建议企业在实际操作中，应确保借款与发票抵扣的关联性，并遵守会计准则和税法的相关规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。