借款与货款抵扣的合法性需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同约定角度
若借款合同与公司采购合同（或相关协议）中明确约定了借款可以抵扣货款：
- 在这种情况下，双方通过合同条款明确了借款与货款之间的抵扣关系，这种约定是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，因此是合法有效的。双方应当按照合同约定履行各自的义务，即借款方在满足条件时可以用借款抵扣应支付的货款。
若合同中没有明确约定借款可以抵扣货款：
- 此时，借款和货款是两个独立的法律关系。借款方不能单方面决定用借款抵扣货款，除非得到公司的明确同意。如果借款方未经公司同意擅自抵扣，可能构成违约行为，公司有权要求借款方支付全额货款，并可能追究借款方的违约责任。
二、法律规定角度
- 从法律层面来看，借款和货款分别属于不同的法律关系，受到不同法律法规的调整。借款关系主要受到《中华人民共和国民法典》中关于借款合同的规定调整，而货款关系则主要受到买卖合同等相关法律法规的调整。在没有合同约定或法律特别规定的情况下，借款不能直接抵扣货款。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 在进行借款或货款交易时，务必仔细审查合同条款，明确双方的权利和义务。如果希望借款能够抵扣货款，应当在合同中明确约定相关条款。
协商一致：
- 如果合同中没有明确约定借款可以抵扣货款，但双方希望进行抵扣，应当通过协商一致的方式达成补充协议或修改原合同条款。
遵守法律法规：
- 在进行任何交易时，都应当遵守相关法律法规的规定，不得违反法律法规的强制性规定或损害国家、社会公共利益或他人合法权益。
举例说明：假设A公司向B公司借款100万元，并签订了借款合同。同时，A公司向B公司采购了一批货物，价值80万元，并签订了采购合同。如果两个合同中都没有明确约定借款可以抵扣货款，那么A公司不能单方面决定用借款抵扣货款。如果A公司希望抵扣，应当与B公司协商一致，并签订补充协议或修改原合同条款。
总结与建议：借款是否可以抵扣公司的货款，主要取决于合同中的约定以及相关法律法规的规定。在进行相关交易时，务必仔细审查合同条款并遵守相关法律法规。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。