不需要交回全部工资。见习协议期间申请营业执照，与是否需要交回全部工资并无直接关联。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 见习协议的性质：

   • 见习协议通常是一种为了提供实践机会、提升技能而签订的协议，它并不等同于正式的劳动合同，但双方仍应遵守协议中的约定。
   • 工资是见习期间劳动者提供劳动后应得的报酬，是劳动关系的体现，与是否申请营业执照无关。

2. 营业执照与见习工资的关系：

   • 营业执照是企业合法经营的凭证，它的申请或变更与见习工资没有直接的法律联系。
   • 除非见习协议中有特别约定（如因申请营业执照导致见习关系终止需退回工资等），否则见习者无需因申请营业执照而交回全部工资。

3. 法律依据：

   • 根据《劳动法》及相关规定，劳动者提供劳动后有权获得相应的报酬。
   • 见习协议作为双方约定的一种特殊劳动关系形式，也应遵循这一原则。

4. 实际情况分析：

   • 在实际操作中，见习者申请营业执照通常是为了个人创业或发展，这与见习期间的工作和工资支付是两个独立的事项。
   • 除非见习单位有明确的规章制度或双方有特别约定，否则见习者无需因申请营业执照而承担交回工资的责任。

综上所述，见习协议期间申请了营业执照，并不意味着需要交回全部工资。如果你在这方面遇到了问题或纠纷，可以随时向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议和帮助。