两单位合并后，原单位档案应当进行移交和整合处理。具体处理流程如下：

一. 档案移交

1. 确定档案归属：根据《档案法》和相关档案管理规定，明确合并后档案的归属单位，通常是新成立的单位或合并后的主体单位。
2. 办理移交手续：原单位应与新单位或指定单位办理档案移交手续，包括签订移交协议、清点档案数量、编制移交清册等。

• 例如，A单位和B单位合并成C单位，那么A单位和B单位的档案都应移交给C单位，并办理相应的移交手续。

二. 档案整合

1. 分类整理：对移交的档案进行分类整理，按照档案的性质、内容、形成时间等进行归类，便于后续管理和利用。
2. 编制检索工具：为整合后的档案编制检索工具，如目录、索引等，方便查找和利用。

• 例如，将人事档案、财务档案、业务档案等分别归类，并编制相应的目录，以便快速查找。

三. 档案管理

1. 制定管理制度：新单位应制定档案管理制度，明确档案的保管、利用、销毁等规定，确保档案的完整和安全。
2. 培训档案管理人员：对档案管理人员进行培训，提高其档案管理水平和业务素质，确保档案管理工作的顺利进行。

• 例如，制定档案借阅制度，规定借阅档案的流程、期限和注意事项，确保档案的安全利用。

四. 档案利用

1. 提供利用服务：新单位应提供档案利用服务，满足单位内部和外部对档案的需求，如提供档案查询、复制、出具证明等服务。
2. 遵守保密规定：在提供利用服务时，应遵守保密规定，确保涉密档案的安全，防止泄密事件发生。

• 例如，对于涉及个人隐私或商业秘密的档案，应严格控制知悉范围，避免泄露。

我建议：在单位合并过程中，应高度重视档案管理工作，确保档案的完整、安全和有效利用。如有进一步需要，您可以继续咨询我。