关于“公司扣除福利费是否合法”的问题，首先我们需要明确的是，公司扣除福利费是否合法，主要取决于其扣除行为是否符合相关法律法规的规定。

核心结论：公司在特定条件下扣除福利费是合法的，但超出规定部分则不得扣除。

详细分析：

1. 扣除标准与合法性：

   • 根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第四十条的规定，企业发生的职工福利费支出，在不超过工资薪金总额14%的部分，是准予在计算企业所得税应纳税所得额时扣除的。这意味着，只要公司的福利费扣除额在这个比例之内，就是合法的。

2. 超额处理：

   • 如果公司实际发生的职工福利费支出超过了上述规定的扣除限额，那么超出的部分就不能在税前扣除。这部分超额的福利费需要进行纳税调增，即计入应纳税所得额，从而增加公司的税务负担。

3. 合规要求：

   • 公司在扣除福利费时，应确保支出的合法性和真实性，并建立健全的内部管理制度和会计核算体系，以准确记录和核算福利费的支出情况。同时，公司还应单独设置账册对职工福利费进行准确核算，以避免税务风险。

4. 实际应用：

   • 以某企业为例，假设其一年实际发放的合理工资、薪金总额为1000万元，那么该企业当年允许扣除的职工福利费限额就是1000万元乘以14%，即140万元。如果该企业实际发生的职工福利费支出为120万元，则这120万元可以在税前全额扣除；但如果实际支出为160万元，则超出的20万元需要进行纳税调增。

综上所述，公司扣除福利费在符合相关法律法规规定的情况下是合法的。但公司应严格控制福利费的支出，确保其在规定的扣除限额之内，以避免不必要的税务负担和合规风险。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。