结论：公司扣员工福利费是否合法不能一概而论，需分情况讨论。以下是具体分析：

1. 若公司扣除的福利费属于法定福利范畴，且扣除行为符合法律规定，则合法
   法定福利通常包括社会保险（养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险）和住房公积金等。根据《社会保险法》和《住房公积金管理条例》，公司有义务按照法定比例为员工缴纳这些费用，且这部分费用会从员工工资中代扣代缴。但需注意，公司扣除的比例和基数需符合法律规定，不得随意提高或降低。例如，养老保险个人缴纳比例一般为8%，公司缴纳比例一般为16%（具体比例可能因地区而异），若公司擅自提高个人缴纳比例，则属于违法行为。

2. 若公司扣除的福利费属于公司自主提供的福利，且扣除行为经过员工同意或符合公司规章制度，则可能合法
   公司自主提供的福利包括但不限于补充商业保险、节日福利、交通补贴、餐补等。这些福利并非法律强制要求，而是公司为了吸引和留住员工而自愿提供的。若公司在提供这些福利时，已明确告知员工福利的发放条件、方式及可能存在的扣除情况，且员工在入职时或福利变更时已签字确认，则公司扣除相关费用可能被视为合法。但需注意，公司规章制度需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并公示，否则可能因程序违法而被认定无效。

3. 若公司未经员工同意，擅自扣除法定福利或公司自主福利，则可能违法
   例如，公司未经员工同意，擅自从员工工资中扣除部分费用作为“福利基金”，或未按照法定比例缴纳社会保险和住房公积金，均属于违法行为。员工有权向当地劳动监察部门投诉，要求公司补缴相关费用并承担相应的法律责任。

建议：

• 若您对公司扣除的福利费有疑问，建议先查阅公司规章制度或劳动合同中关于福利的约定，确认扣除行为是否符合约定。
  
• 若公司扣除行为涉嫌违法，您可先与公司协商解决；协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
  

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