生育津贴的计算与发放并不直接依据女职工的应发工资或实发工资，而是基于用人单位上年度职工月平均工资进行计算。生育津贴实质上是由社保机构发放给用人单位，再由用人单位转发给个人的，它包含了产假期间的工资部分。

当生育津贴下来后，单位扣除的应当是产假期间已发放的实发工资。这是因为生育津贴的本质是对女职工生育期间工资收入损失的补偿，如果产假期间单位已经支付了工资（实发工资），那么生育津贴下来后，单位应扣除已发的实发工资部分，以避免重复支付。

具体来说，如果生育津贴的金额高于女职工产假前的工资标准，用人单位应当将生育津贴全额支付给女职工，不得进行克扣。而如果生育津贴低于女职工产假前的工资标准，差额部分应由用人单位补足。

总的来说，生育津贴的发放与扣除应遵循相关法律法规，确保女职工的合法权益得到保障。如果在实际操作中遇到任何问题，建议及时与用人单位沟通并寻求法律援助。