当公司员工请假超出公休天数时，工资的计算方式会根据请假类型以及国家相关法律法规和公司规章制度来确定。以下是对不同类型请假超出公休天数后工资计算方式的详细解答：
一、病假
短期病假：员工因病请假，在规定的医疗期内，公司应支付病假工资。病假工资的标准通常不低于当地最低工资标准的80%。例如，如果当地月最低工资标准为2000元，那么病假工资每月至少为1600元。具体支付比例和方式可能会因地区和公司政策而异。
长期病假：对于长期病假，支付比例和方式可能更加复杂，通常也会依据当地政策和公司规定来执行。长期病假可能需要医疗证明，并且支付比例可能会根据病假时长有所调整。
二、事假
员工因个人原因请事假，公司通常无需支付事假期间的工资。工资计算时，会扣除事假天数，按照实际出勤天数来计算。例如，员工月工资为5000元，当月请事假3天，实际出勤17天（考虑到月计薪天数通常为21.75天），那么工资就是5000元除以21.75天再乘以17天。
三、法定带薪假期
如婚假、产假、陪产假、丧假等，这些假期属于法定带薪假期。即使员工请假超出公休天数，公司也应按员工正常出勤时的工资标准发放工资。这些假期的具体天数和支付标准通常由国家法律法规规定。
四、年假
年假是员工的福利假期，如果员工请假超出公休天数但使用的是年假，那么工资仍应按正常出勤时的工资标准计发。
五、加班
如果员工在超出公休天数的正常工作日、法定节假日或休息日工作，公司需按照《中华人民共和国劳动法》的规定支付加班工资。具体支付标准根据加班时间和类型（如延长工作时间、休息日加班、法定节假日加班）来确定。
注意事项：
公司规章制度：在计算工资时，应首先参考公司的具体规章制度，但规章制度必须符合国家及地方的劳动法律法规。
法律法规遵循：无论何种情况，都必须确保员工的合法权益得到保障，严格遵守国家及地方的劳动法律法规。
沟通协商：如果员工对工资计算结果有异议，应先与公司进行协商沟通。协商无果时，员工可以向劳动监察部门进行投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，公司在计算员工请假超出公休天数后的工资时，应综合考虑请假类型、国家法律法规及公司规章制度，并确保计算方式合法、合理且透明。