单位以自动离职为由解除劳动关系是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、自动离职的法律性质
自动离职是指劳动者在合同期内，未履行法定程序或未经用人单位同意而擅自离开工作岗位的行为。从法律角度看，自动离职并非《中华人民共和国劳动合同法》中规定的劳动者与用人单位解除劳动合同的法定方式。劳动合同法规定，劳动者解除劳动合同应提前通知用人单位（如试用期提前三日，正式期提前三十日），或双方协商一致解除，或在特定情形下由用人单位单方解除。
二、单位以自动离职为由解除劳动关系的合法性分析
劳动者存在过错，且符合单位规章制度
- 如果用人单位的规章制度中明确规定了自动离职（如连续旷工一定天数）视为严重违反公司规章制度，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，劳动者也已知悉，那么在这种情况下，单位以自动离职为由解除劳动关系可能是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。
劳动者不存在过错，或单位规章制度不合法
- 如果劳动者自动离职并非出于故意或重大过失，或者用人单位的规章制度未经过民主程序制定、未公示，或者规章制度中的规定与法律法规相抵触，那么单位以自动离职为由解除劳动关系可能是不合法的。
- 法律后果：在这种情况下，劳动者有权要求用人单位支付经济补偿金，甚至可能要求用人单位支付赔偿金（如果用人单位的解除行为被认定为违法解除）。
用人单位存在过错，劳动者自动离职
- 如果用人单位存在严重过错（如拖欠工资、未提供劳动条件等），劳动者的自动离职可能被视为基于用人单位过错而行使的法定解除权，从而构成解除劳动合同。此时，单位以自动离职为由解除劳动关系显然是不合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条，当用人单位存在拖欠工资、未缴纳社保等违法行为时，劳动者可随时解除合同。此时即使未办理手续直接离职，仍视为合法解除。
三、实务建议
对劳动者的建议
- 优先协商：如果劳动者希望离职，应优先与用人单位协商，达成一致意见后再办理离职手续。
- 履行通知义务：如果无法协商一致，劳动者应按照法律规定提前通知用人单位，并保留好通知的证据。
- 完善离职手续：无论何种原因离职，劳动者都应妥善完成工作交接，并要求用人单位出具离职证明、办理档案和社会保险关系转移等手续。
对用人单位的建议
- 完善规章制度：用人单位应制定合法、合理的规章制度，明确自动离职的相关规定和处理流程，并确保规章制度已经过民主程序制定并公示。
- 依法处理劳动关系：即使劳动者自动离职，用人单位也应依法处理劳动关系，如及时发送返岗通知书、办理解除手续等，避免法律风险。
- 保留证据：用人单位在处理自动离职事件时，应保留好相关证据，如考勤记录、返岗通知书、解除劳动合同通知书等，以备不时之需。
总结来说，单位以自动离职为由解除劳动关系是否合法，取决于劳动者的行为是否构成严重违反公司规章制度、用人单位是否存在过错以及规章制度的合法性等多个因素。如果您或您身边的人遇到类似问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况为您提供专业的法律意见。